横から失礼します。
質問者からクローズの意向が示された後に申し訳ないのですが......。
ご利用の条件下で添付ファイルが開けないとき、boundary（*）、とくに最後の区切りが適切についていない（サーバ・クライアント間の処理の途中で欠落してしまっている？）ことが確認できているようです。
boundary だけなのか、その前にあるエンコードされた添付ファイルデータの一部もカットされているかどうかは不明ですけど...。
（*）boundary＝メッセージの本文部分と添付ファイル部分（複数の添付ファイルがある場合はそれぞれの）との境界を示す文字列で、メッセージごとに固有の文字列が付与されます。
ご質問の文面から見る限りでは、このあたりに何かしらの問題が起こっているため Thunderbird 上での受信メッセージにある添付ファイルが開けない、または認識できないという現象が起こっているであろう可能性が推測されます。
この現象を引き起こしている原因がどこにあるかですが、
（1）Thunderbird 側の処理に問題がある可能性
（2）MS-Exchange 側の処理に問題がある可能性
（3）両者の設定の特定の組み合わせに問題がある可能性
（4）介在している Trend Micro ScanMail に問題がある可能性
――が考えられると思います。
このことをふまえ、原因を絞り込んでいくことになると思いますけど、既出の文面を拝見する限りでは、やや不明な点もあります。
りえか さんが書きました:
受信メールの添付ファイル(拡張子問わず)が開けないことがあります。
ということは、Thunderbird で問題なく開ける添付ファイルも存在するわけですか？
もしそうだとして、添付ファイルを正しく開けるメッセージと開けないメッセージの相違は、boundary の有無以外で何かありますか？
もし特定の差出人（社内の人同士、まったく別環境の外部から...など）で差が出るとかですと、それらのメールヘッダを比較しする、送信者の環境を詳しく聞いてみるなどから、もう少し具体的なことが見えてくるかもしれません。
りえか さんが書きました:
また、私が添付ファイルを開くことができなかったメールも、別の方が別のPCでThunderbird3.1.7で開いたところ、問題なく開くことができたそうです。
同報配信されるなどまったく同じ条件のメッセージでの話ですか？
「別の方が別のPCでThunderbird3.1.7」というのも、MS-Exchange サーバを使っている環境ですか？
伝聞ではなく、りえかさんご自身がきちんと確認された話ですか？
もし同一社内（つまりサーバ条件は同一）の人で上記の結果だったとしたら、Thunderbird 全般に普遍的な不具合があるというよりも、りえかさんがお使いの Thunderbird に固有の問題が起こっていると考えるほうが辻褄が合いそうです。
りえか さんが書きました:
・新しいプロファイルを作成してアカウントを再作成、IMAPでサーバからすべてのメールを
ダウンロードしなおし、、問題のメールの添付ファイルが開けるか
→ 開けた
との検証結果も出ていることでもありますし...。
「その後受信したメールの添付ファイルは、また開けないことがありました」は、根本的に原因を除去できていなかったため、問題が再発したと考えることができそうです。
まったく別環境の人の話ですと、MS-Exchange サーバも含めた受信サイドのシステム全体を点検することになろうかと思います。
りえか さんが書きました:
Exchangeサーバ上のメールをThunderbirdを介さずにemlファイル形式でダウンロードし開いてみたところ、正常に開くことができました。
だとすると、少なくとも送信元から受信側のサーバまでは適切な形でメッセージが届いていることが推測でき、MS-Exchange サーバと Thunderbird の間におけるメッセージデータのやりとりに問題が起こっていると考えるのが合理的かと思われます。
このことは、
りえか さんが書きました:
しかし、以下の場合は正常に開くことができます。
・Exchangeサーバ上のメールをOWAなどで開く
・別のMUI(Outlook ExplessやMicrosoft Outlook、Beckyなど)で開く
・送信済みトレイに入っている自分が送信したメールの添付ファイルを開く
（※自分が送信し、相手先で開けなかったメール）
からも推測できそうです。
りえか さんが書きました:
X-MS-Exchange-Organization-AVStamp-Mailbox: SMEXawoY;780980;0;This mail has
been scanned by Trend Micro ScanMail for Microsoft Exchange;
セキュリティ対策として、Trend Micro ScanMail が導入されているようですので、念のためこちらの設定等を見直してみる価値はあろうかと思います。
りえか さんが書きました:
なぜ、Thunderbirdを介すと、添付ファイル部分のヘッダーが削られてしまうのでしょうか？
というより、提出された情報から見る限りでは、MS-Exchange と Thunderbird における特定条件での組み合わせに因るのではないかと思われます。（原因は Thunderbird にだけあるという前提で考えると、本当の原因を見失うことがあるので、可能性のあるすべてを客観的にチェックする姿勢が大切だと思います。）
ぼく自身は MS-Exchange サーバを使っていないので詳細まではわかりませんが、聞くところによると、MS-Exchange は RFC に準拠していない部分があり、RFC に準拠しているメールクライアント（例：Thunderbird など）で添付ファイルを開けない、文字化けを起こすなどの問題が起こるケースがあるそうです。
もしこのケースなら、「なぜ、Thunderbird を介すと」ではなく「なぜ、MS-Exchange を介すと」になるわけですし......。
何にせよ上記（2）（3）（4）の問題がからむなら、Thunderbird 側だけ見てては解決は遠のくばかりなので、システム管理者に状況を説明して MS-Exchange サーバ等の設定内容などをチェックしてもらったほうが核心に迫れると思います。
以上、解決策ではありませんが、この先の手の打ち方の参考になることを期待しつつ、あとでこのトピックを参照される方への情報という意味を含め、気がつく点を述べさせていただきました。
外してたらすみません。
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