「プログラムの削除(アンインストール)」と「ファイルの削除」、「ファイル」と「フォルダ」などを混同していらっしゃるようですね。
(用語はなるべく、一般的に通用しているものを使うように心掛けていただかないと、正確に伝わらず、余計な応答が必要になります)
そこで、ご質問の内容を整理してみます。相違する部分があれば指摘してください。
(1)Thunderbird の送信設定(アカウント設定)が上手く行かなかった
(2)そこで Windows Vista のコントロールパネルの「プログラムと機能」で Thunderbird をアンインストールした
(3)しかし、Program Files フォルダ下には Thunderbird フォルダが残っている
(4)その状態で再度、Thunderbird をインストールしたがエラーが出てインストールを受け付けない
と云う事でしょうか。間違いがなければ次の手順で再インストールしてみてください。
[1] 先ずは、(3)の「残っている Thunderbird フォルダ」を削除
[2] C:\Users\<UserName>\AppData\Roaming\Mozilla\Thunderbird フォルダも削除
(但し、メールアカウントやアドレス帖、送受信メールデータなどを引き継ぐ必要があれば、この作業は省いてください)
[3] Thunderbird を再インストール
「送信設定が上手く行かなかったのでファイルを削除した(アンインストール?)」との事ですが、アカウント設定で間違った設定を行っても、
その度に Thunderbird をアンインストールしたり、インストールフォルダから何某かのファイルを削除したりする必要は全くありません。
その場合には、Thunderbird 上から「ツール」>「アカウント設定」>「アカウントの削除」で、そのアカウントだけを削除すれば済みます。
Thunderbird のインストールやアンインストール、プロファイルなどの操作の際には前以て、
以下の情報に目を通していただくとよろしいかと存じます。
Thunderbird サポート
http://mozilla.jp/support/thunderbird/
Thunderbird サポート・ナレッジベース
http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/