追加情報、ありがとうございました。
redcat さんが書きました:
(1)更新前のバージョンですが
インストール時24.2.0でこの後
意識的にバージョンアップしていないので
この値だったかと思います。
もしそうなら、相当古いバージョンから一気に 38.6.0 までアップデートしたことになりますね。
Thunderbird 24.2.0 は、2013 年 12 月にリリースされています。途中 31.0 へのメジャーアップデートを挟み、2015 年 6 月に 38.0.1 がリリースされ、現時点で最新の 38.6.0 は 2016 年 2 月初旬にリリースされています。
バージョン間の開きが非常に大きい状況でアップデートしたからといって、トラブルが必ず起こるわけではありませんが、起こりやすくはなりますから、本件もそういう文脈で起った問題なのかもしれません。
トラブルの現われ方は、ユーザーが使ってきたプロファイルの状態に左右されるため一概にはいえませんが、順当にアップデートしている使い方では考えられないようなことが起こる可能性もあり、本件のような事例も否定はできないと思います。
redcat さんが書きました:
デスクトップのアイコンクリック時に
バージョンアップを促すダイアログが
出たのは今回が初めてなのですが、
通常thunderbirdでこのような事は
あるのでしょうか。
自動更新機能を有効にしていることを前提にするなら、PC や Thunderbird の起動状況、バージョンアップされた Thunderbird の更新データの公開タイミングなど、いくつかの条件の組み合わせによっては、１つ２つのバージョンがスキップされるようなケースは起こりうると思います。
しかし、2 年以上 PC を起動していなかったというならともかく、ここまで長期間ずっと更新通知がなく、今になって突然出てくるというのは、非常に珍しいと思います。
自動更新機能を無効にしていたのなら、アップデートを促すダイアログが出ることはないはずです。
redcat さんが書きました:
それとも、ウィルス?
ウィルスにこだわっておられるようですが、それが原因だと疑うに足る症状が出ているのでしょうか？ すでに実行済みかもしれませんが、もし気になるのなら、きちんとウィルスチェックをかけたほうがいいと思います。
その他、追記くださった (2) ～ (5) の事情は了解しました。
あと、次の事情はどうなっていますか。
（i）POP アカウントは１つだけですか、それとも複数ありますか。
（ii）アカウントが複数ある場合、それぞれ独立していますか、[ローカルフォルダ] に統合していますか。
（iii）アカウントが複数ある場合、「受信メールが消えた」というのは、すべてのアカウントにおいてですか、一部のアカウントだけですか。
このあたりの実情がわかると、それを前提に考えることができます。
【まず確認すること】
現状がどうなっているか、できる限り正確に把握することが、復旧作業の出発点になります。
さしあたり、
（A）「受信メールが消えた」というフォルダの実情がどうなっているか。
（B）プロファイルや Mail フォルダなどの複製が作られていないか。
―― の 2 点を確認してください。
原因の目星もついていない段階で Thunderbird の起動・終了をくり返すのはためらわれますが、今後の管理のしやすさを考慮して Thunderbird 上からおこなえることを含めて書きます。
（A）
「受信メールが消えた」と仰っているのが、あるアカウントの [受信トレイ] だと仮定すると、右クリックから [プロパティ] で [フォルダのプロパティ] 画面を開きます。
その [一般情報] パネル内の [名前] 、[場所] の下に [メッセージ数] 、[ディスク上のサイズ] という項目があり、数値が表示されているはずです。この値を確認してください。これは、[受信トレイ] の実体である Inbox ファイルの情報を拾っています。[ディスク上のサイズ] は、Inbox ファイルの容量のことです。
とくに [ディスク上のサイズ] に注目してください。
メッセージ数と比較して、非常に大きな容量が表示されていたら、削除フラグがついただけでメールデータはまだ生き残っている可能性があります。
しかし、トラブル発生以後に受信したメールの数に見合う容量しかないなら、以前の受信メールは消失した可能性が高いです。
プロファイル内を直接確認することもできます。
Windows 7 をお使いなら、標準的なプロファイルの配置場所は次のとおりです。
C:\Users\<UserName>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\
あるいは、起動した Thunderbird のメニューバーまたは [三] 型のメニューボタンから、[ヘルプ] -> [トラブルシューティング情報] で開く画面で、[アプリケーション基本情報] -> [プロファイルフォルダ] にある [フォルダを開く] ボタンを押すと、そのとき Thunderbird が使っているプロファイルフォルダ（xxxxxxxx.default）が開きます。
POP アカウントの場合なら、xxxxxxxx.default の直下に Mail フォルダがあり、さらにその下にアカウントごとのフォルダがあります。そしてその中にメールデータが存在します。
アカウントフォルダ内にあるファイルが、Thunderbird 上の各フォルダに相当します。
例えば、Thunderbird 上の [受信トレイ] というフォルダの実体は Inbox というファイルです。その要約ファイルが Inbox.msf ですが、重要なのは Inbox（拡張子なし）のファイルです。
（フルパスの例）
C:\Users\<UserName>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\Mail\<AccountName>\Inbox
（B）
正直、可能性は低いと思いますが、プロファイルフォルダを開いたついでに、メールデータの複製が作られていないかどうか、確認してください。
更新時に何かしらの異常が起こったとして、そのときに既存のデータの複製が作られた可能性に期待をかけての話になります。
例えば、xxxxxxxx.default フォルダの直下に Mail-1 のような名前のフォルダができていて、その中にアカウントフォルダがあり、さらにその中に Inbox などのファイルが存在する、といったものがあるかどうかです。
Mail フォルダと同階層にではなく、Mail フォルダ配下のアカウントフォルダの複製が作られていないかどうかにも気をつけてください。
さらに、上記階層である Profiles フォルダに、xxxxxxxx.default とは別に、自分が作った覚えのないプロファイルフォルダ（yyyyyyyy.default）が作られていなかも確認してください。
要は、いま使っているプロファイル内の標準の場所にあるメールデータ以外に、過去のメールデータが存在していないかを確かめるということです。
もしそのようなデータが存在していれば、そこから復元できる可能性が残っています。
（補）バックアップの存在
これまでプロファイルのバックアップを定期的に取ってこられたのなら、そのバックアップからの復元に期待が持てます。
バックアップからの復元は、バックアップをとった時点までしかさかのぼれないという制約があります。バックアップをとった時点からトラブルが発生した時点までの間に受信したメールは、バックアップには含まれていないからです。しかし、過去のすべてのデータを失うよりは、被害が軽くなると思います。
上記を調べた結果をお知らせいただければ、それをふまえて次のステップをご案内できると思います。
（補足）
Firefox での話ですが、バージョン間の開きが大きい状態でアップデートしたときの事例が、次にあります。
ソフトウェアの種類は異なりますが、考え方の参考にはなると思います。
（参考）・firefox更新時 履歴が削除されました
viewtopic.php?t=15943
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