遅ればせですが、横から失礼します。
kiki さんからのアドバイスに追加で、少しコメントさせていただきます。
Thunderbird 24.0 では、アカウントセントラル画面の [アカウント] -> [アカウントの作成] がアカウントの種類ごとにサブ項目を持ち、そこに [チャット] も含まれるようになりました。
当方の環境（Windows XP SP3 + Thunserbird 24.0）では、[設定エディタ] ( about:config ) から mail.chat.enabled を false にすることで（要再起動）、従来非表示になっていたチャットに関する各種項目については、一括して非表示・無効できています。
user.js に user_pref("mail.chat.enabled", false); を記述しても、同様の結果になります。
しかしこれらの方法では、新たに追加されたアカウントセントラル画面の [チャット] 項目と、従来からもそうですがアドレス帳の各項目が非表示になりません。
おそらく、AutoConfig を利用して mail.chat.enabled の値を強制適用した場合も同様だと思われます。
ところで、特定のメニュー項目を非表示にする方法としては、userChrome.css を使う方法があります。
本件の前提である AutoConfig を利用したリモートからの集中管理には馴染まないかもしれませんが、いちおう情報のひとつとして書いておきます。
個人的なニーズがあり、以前に mail.chat.enabled のコントロールとは別の観点で Thunderbird のチャット関連の GUI を一括あるいは個別に隠すユーザースタイルをまとめてみたことがあります。（mail.chat.enabled でも非表示にできないアドレス帳項目もあったので...。）
24.0 から追加されたアカウントセントラルの [チャット] アカウントに関する設定も含めました。
当方の環境では、mail.chat.enabled = true であっても下記のスタイルですべて非表示にできていますが、他のユーザー環境（様ざまにカスタマイズされた）でどうなるかはよくわかりません。
コード:
/* Thunderbird（日本語版）のチャットに関する GUI 項目を隠す */
#appmenu_imAccountsStatus /* 01アプリメニュー > ツール の [チャット状態] */
,#appmenu_joinChatMenuItem /* 02アプリメニュー > ツール の [チャットに参加] */
,#appmenu_newIMAccountMenuItem /* 03アプリメニュー > 新規作成 > [チャットアカウント] */
,#imAccountsStatus /* 04メニューバー > ツール の [チャット状態] */
,#joinChatMenuItem /* 05メニューバー > ツール の [チャットに参加] */
,#newIMAccountMenuItem /* 06メニューバー > ファイル > 新規作成 > [チャットアカウント] */
,#accountActionsAddIMAccount /* 07アカウント設定 > アカウント操作 の [チャットアカウントを追加] */
,#button-chat ,#wrapper-button-chat /* 08メールツールバーの [チャット] アイコン */
,#CreateAccountChat /* 09アカウント・セントラルの 新しいアカウント作成 > [チャット] ★ */
,.paneSelector > radio[label="チャット"] /* 10オプション設定の [チャット] パネル */
,#chatTabButton /* 11アドレス帳 > 連絡先の編集 > [チャット] パネル ★ */
,#ScreenNameContainer /* 12アドレス帳 > 連絡先の編集 > 連絡先 の [チャットネーム] 項目 ★ */
,#ChatName /* 13アドレス帳の連絡先ペインの [チャットネーム] カラム ★ */
,#button-newim ,#wrapper-button-newim /* 14アドレス帳ツールバーの [インスタントメッセージ] アイコン ★ */
,#abResultsTreeContext-newim /* 15アドレス帳のコンテキストメニューの [インスタントメッセージ] ★ */
{display : none !important;}
（注釈の整形は等幅フォントでの表示で最適化）
★は、mail.chat.enabled = false でも表示される項目。アドレス帳の項目はチャットのセットアップには実質的な影響はありませんが、17.0.x でも表示されていました。
それ以外は、上記のスタイルを使わなくても mail.chat.enabled = false で非表示になるはずです（17.0.x でも 24.0 でも）。
すでにチャットアカウントをセットアップ済みの Thunderbird ではもう一工夫必要かもしれませんが、未セットアップの状態なら上記を非表示・無効化しておくことで、チャット関連の GUI 項目を基本的に隠せるため、不用意な操作はてきなくなると思います。
しかしご承知のとおり、userChrome.css をプロファイルごとに設置するなど集中管理に馴染まない面倒さもあるでしょうし、スキルのあるユーザーなら回避は簡単です。
何か効果的な別の方法と組み合わせられれば何とかなるかもしれませんが、ぼくには思い浮かびません。
とりあえず以上です。役に立たない話だったらすみません。
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