件名の通りなのですが、受信トレイとアーカイブに同じメールが受信されます。

これは、Gmailの「すべてのメール」を表示してしまっているからだと思い、
別にフォルダを作り、そのフォルダを参照させるようにしました。

しかし、Thunderbird上で別フォルダを設定し、保存したにも関わらず、
スマートフォルダ＞アーカイブ＞作成した別フォルダを選択すると、
「すべてのメール」の内容が表示され、タブには「すべてのメール」 - アカウント名　が表示されます。
プロパティなどから名前などを変えても同様でした。

Gmailと同期している方で同じ状況の方がいたらアドバイスください。

また、「すべてのメール」を受信してしまうのが仕様なら、
受信した段階で既読にできる設定などがありましたら教えてください。

環境と具体的な状況を下記に記しましたので、宜しくお願いします。

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環境は以下の通りです。
WindowsXP SP3 HomeEdition
mozillaThunderbird 3.0.4
アカウントは３個登録しています。
プロバイダが１つ。
Gmailが2つ。
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具体的な状況

１．受信トレイにhoge@gmail.com、アーカイブにも同じアカウントが表示されている。
２．メッセージを受信すると、ポップアップが２件、同じものが上下に表示される。
３．受信トレイのhoge@gmail.comの横に(1)、アーカイブにも同様に(1)と表示される。
４．中身は同じもの。

　

再現しません。
注：私の場合は IMAP アカウント設定でローカルにメッセージを保存しない同期設定にし
　　ています。


「すべてのメール」を Thunderbird 上でどのように表示させているのでしょうか？
新たに作成したフォルダを Thunderbird で参照させるのはどのような手順と方法なので
しょうか？
また Gmail の IMAP アカウントを Thunderbird ではどのような同期設定をされているの
でしょうか？


メッセージフィルタで受信メッセージを既読にする条件設定があります。
　

＃Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイルの適用でも再現しますか？
＃Gmail の IMAP アカウントを Thunderbird で一旦削除して再起動後に再度新規に作り
　 直したらどうなりますか？
　　

kikiさんのアドバイスで新規プロファイルを作成という手段を知り、試して見たところ無事直りました。
ありがとうございました。
新規プロファイルを作成する際に、少し設定してはメールの受信、少し設定してはメールの受信という形で再現を試みたのですが、すべて同じ設定にしても再現しませんでした。
原因が分からずに少し気持ち悪いですが、とにかく直ってよかったです。

この後長文で、そこに至るまでの経緯とkikiさんの質問に対する回答を記述しています。
同じ事で悩んでる方に参考にしていただけたら幸いです。

まずは、説明不足で申し訳ありません。
私もIMAPアカウント設定でローカルにメッセージを保存しない同期設定にしています。
また、「すべてのメール」と新たに作成したフォルダの参照方法ですが、
下記はスマートフォルダ表示画面を折りたたんだものだと思ってください。

+受信トレイ
+下書き
+送信済みトレイ
+アーカイブ
+迷惑メール
+ごみ箱
送信トレイ(ローカルフォルダ)
プロバイダのアカウント
+Gmailのアカウント
+Gmailのアカウント
+ローカルフォルダ

となっており、アーカイブの中に二つのGmailアカウントの「すべてのメール」が表示されています。
このアーカイブには、Gmail上で作成したフォルダを下記の方法で設定したのですが、
「すべてのメール」といっしょに、そのフォルダも表示されています。
このフォルダを同期させている方法は、ツール＞アカウント設定＞変更するアカウント＞送信控えと特別なフォルダから、
下書きとアーカイブ、テンプレート＞アーカイブの保存先＞その他のフォルダを指定するにチェックを入れて、
リストからアカウントのフォルダを選択しています。

また+Gmailのアカウントのツリーの中には、アカウント＞[Gmail]＞すべてのメール
という形で「すべてのメール」が表示されており、受信トレイと「すべてのメール」に1通づつ受信してしまうという状況は
改善されておりません。

また、この状況で新着メールを受け取ると、ポップアップで１通のメッセージがあります、と表示されますが、
件名やメッセージプレビューは2件表示されます。

この状況を打開するには、「すべてのメール」を表示させないぐらいしか解決策が浮かばずに
こちらに投稿させていただいたのですが、的確なアドバイスをいただけて無事解決しました。