Thunderbirdを起動して、メールを受信してリストに表示された瞬間、消えてしまい、
迷惑メールフォルダにもゴミ箱にも存在していませんでした。

以前には、Thunderbirdを起動してメール受信が始まり、受信されましたが、

すべてのフォルダが消え、物理的なメールのファイルもすべて消えていたことがありました。

受信直後に新たに受信したメッセージだけが消える場合はセキュリティ対策ソフトが怪しいと推
測します。（スキャン機能で別の場所に隔離したり削除する）

「最適化」を実行していなかったためにインデックスファイルに不整合が起きて「消えた」かのよ うに見える場合もあります。
希な事例として暗号化による障害もあったりします。

物理的なメールも消えたというのはプロファイル内のメッセージデータが消えた（削除された）のが確認できたということですか？
その時はどのような対処をされたのですか？

今回の現象（受信直後にメールが消えた）は、ウィルスバスターの影響が考えられるため、もう一度隔離フォルダなど確認してみます。

最適化については、
[オプション]->[詳細]->「ディスク領域を100KB以上節約できるときには自動的に最適化する」
を有効にしており、メールフォルダ単位の各物理ファイルも1GB未満のため、最適化が正常に動作していると思います。

HDDが暗号化済みのものなので、それによる障害の可能性もあるのかもしれません。

以前、メールが消えた際には、Thunderbird起動すると、作成していたフォルダがすべて消えていて、その状態で新着メールが受信され、それまでのメールは送受信含めすべて消えておりました。
プロファイルフォルダ内のMailフォルダ内を確認するとメッセージの物理ファイルは、その新着メール分の容量しかなく、手動で作成していたフォルダなどもすべて存在していない状態でした。

　「ウィルスバスター 2011 クラウド」の設定内容やそもそも Thunderbird 3.1.7 に対応しているか
どうかも確認してみてください。

　正確にはフォルダの保管容量に対して「最適化」が実行されるのではありません。
メッセージのインデックスの更新に伴って不必要なデータを削除して整合化をおこないます。
メッセージの移動、削除、コピーなどの操作によって最適化すべき一定容量に達した場合に発動
するしくみです。
例えばメッセージを削除するとインデックスではそのフラグ（ステータス）が更新されますが実際の
メッセージデータは残ったままになりますのでそれをお掃除するといった役割を果たします。

　「ウィルスバスター 2011 クラウド」が暗号化した HDD に対して問題なく機能するかというのも確かめたほうがいいかも知れませんね。

　提示された情報からすると「ウィルスバスター 2011 クラウド」と「暗号化 HDD」に怪しい臭いがしますが念のため Thunderbird のセーフモード起動などのトラブルシューティングも試して確認してみてください。