※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。遅ればせながら、横から失礼します。
蛇足というか、補足というか......。
お三方からのアドバイスで、Thunderbird の標準的なメッセージ格納形式が mbox 形式であることを理解できれば、Thunderbird のプロファイルを長期保存用メディアにバックアップするなどの工夫はつけられると思います。
Thunderbird の「アーカイブ」機能は、アカウント設定を見れば一目瞭然ですが、[送信済みトレイ] 、[下書き] 、[テンプレート] 、[迷惑メール] などと同様に、[送信控えと特別なフォルダー] あるいは [迷惑メール] の項目で定義されている機能のひとつです。
これらは、あくまで Thunderbird 上でメッセージデータを扱うことを前提にした、フォルダ分けとそのための自動実行機能を提供しているものです。
送受信したメッセージデータを、Thunderbird など特定のメールクライアントに依存しない形で、確実に保管・保存することが主目的なら、プロファイル内にある mbox 形式のファイルをバックアップするのが常道だろうと思います。
アーカイブ機能は、[受信トレイ] だけなく、自作の分類フォルダに保存したメッセージに対しても実行可能です。その結果はアカウント設定で指定した動作がおこなわれますから、対象となったメッセージが年月別、フォルダ構造別にアーカイブされます。
これをふまえれば、Thunderbird 上での運用経過に応じて、保管・保存フェーズに移行したメッセージ群をアーカイブし、そのあとプロファイル内の Archives.sbd をバックアップすることで、対象メッセージ群を一括して（mbox 形式で）別の場所に保存することも容易でしょう。
Thunderbird で扱える eml 形式のデータについては、次のようなことも把握しておくと便利だと思います。
ij_anti-ms さんが書きました:
今は多くのメールソフトが乱立し、互換性ある形式は eml くらいしか思いつかないので、
上記のようにしています。
この方法は信じられないくらい面倒です。
eml に保存する2件目まではいいのですが、
3件目からはファイルネームが同一になるので、名前を付け替えなければなりません。
もしかすると、メッセージをひとつずつ選択して保存なさっているか、ドラッグ＆ドロップで同じ場所に保存しようとなさっているのでしょうか。
次の手順なら、Thunderbird が自動的にファイル名を付けて、複数のメッセージを重複や上書きすることなく個別の eml ファイルに保存することができます。
（手順）
Thunderbird 上の任意のフォルダ（例：[受信トレイ]）に 100 件のメッセージが存在したと仮定します。
そのすべてを選択して、メニューの [ファイル] またはメニューボタンから [名前を付けて保存] -> [ファイル] 、あるいは右クリックから [メッセージを保存] を選択すると、保存先を尋ねるダイアログが開きます。
保存先を指定して、[フォルダーの選択] を押すと、選択済みのファイルがすべて eml 形式で保存され、保存先に 100 個の eml ファイルが生成されます。
このときのファイル名は、各メッセージの Subject をベースに、差出人と日付が付与され、最後にサフィックスが付きます。
同一件名でやり取りされたメッセージが複数あって、件名、差出人、日付が同一だったとしても、自動的に異なるサフィックスを付けて保存されるので、ある eml ファイルが別の eml ファイルで上書きされることはありません。
選択した個数のメッセージに対応した個々の eml ファイルは、Thunderbird 固有の管理用ヘッダを含めて元メッセージの内容が完全な形で出力されます。
複数のメッセージが選択されたときの保存では、Thunderbird はこのような動作をとります。
通常、こうしたアーカイブあるいはバックアップは、受信・購読のたびに１件ずつそのつど保存するというよりは、一定の運用フェーズ後（例えば１ヵ月ごととか）にまとめて作業することが多いと思いますから、複数メッセージをまとめて選択・保存することで、それなりに合理的な動作結果を期待できるのではないかと思います。
（余録として、このファイル名のつけ方である程度目的のメッセージを絞り込むことも不可能ではありませんから、このような形の eml ファイルを保存しておけば、確認の必要がある特定のファイルだけをテキストエディタで開いて見るなんてことも簡単にできます。eml ファイルのインポート時は、ファイル名ではなく Subject で件名が定義されます。）
とりあえず以上です。余計なお世話だったらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]
遅ればせながら、横から失礼します。
蛇足というか、補足というか......。
お三方からのアドバイスで、Thunderbird の標準的なメッセージ格納形式が mbox 形式であることを理解できれば、Thunderbird のプロファイルを長期保存用メディアにバックアップするなどの工夫はつけられると思います。
Thunderbird の「アーカイブ」機能は、アカウント設定を見れば一目瞭然ですが、[送信済みトレイ] 、[下書き] 、[テンプレート] 、[迷惑メール] などと同様に、[送信控えと特別なフォルダー] あるいは [迷惑メール] の項目で定義されている機能のひとつです。
これらは、あくまで Thunderbird 上でメッセージデータを扱うことを前提にした、フォルダ分けとそのための自動実行機能を提供しているものです。
送受信したメッセージデータを、Thunderbird など特定のメールクライアントに依存しない形で、確実に保管・保存することが主目的なら、プロファイル内にある mbox 形式のファイルをバックアップするのが常道だろうと思います。
アーカイブ機能は、[受信トレイ] だけなく、自作の分類フォルダに保存したメッセージに対しても実行可能です。その結果はアカウント設定で指定した動作がおこなわれますから、対象となったメッセージが年月別、フォルダ構造別にアーカイブされます。
これをふまえれば、Thunderbird 上での運用経過に応じて、保管・保存フェーズに移行したメッセージ群をアーカイブし、そのあとプロファイル内の Archives.sbd をバックアップすることで、対象メッセージ群を一括して（mbox 形式で）別の場所に保存することも容易でしょう。
Thunderbird で扱える eml 形式のデータについては、次のようなことも把握しておくと便利だと思います。
[quote="ij_anti-ms"]今は多くのメールソフトが乱立し、互換性ある形式は eml くらいしか思いつかないので、
上記のようにしています。
この方法は信じられないくらい面倒です。
eml に保存する2件目まではいいのですが、
3件目からはファイルネームが同一になるので、名前を付け替えなければなりません。[/quote]
もしかすると、メッセージをひとつずつ選択して保存なさっているか、ドラッグ＆ドロップで同じ場所に保存しようとなさっているのでしょうか。
次の手順なら、Thunderbird が自動的にファイル名を付けて、複数のメッセージを重複や上書きすることなく個別の eml ファイルに保存することができます。
（手順）
Thunderbird 上の任意のフォルダ（例：[受信トレイ]）に 100 件のメッセージが存在したと仮定します。
そのすべてを選択して、メニューの [ファイル] またはメニューボタンから [名前を付けて保存] -> [ファイル] 、あるいは右クリックから [メッセージを保存] を選択すると、保存先を尋ねるダイアログが開きます。
保存先を指定して、[フォルダーの選択] を押すと、選択済みのファイルがすべて eml 形式で保存され、保存先に 100 個の eml ファイルが生成されます。
このときのファイル名は、各メッセージの Subject をベースに、差出人と日付が付与され、最後にサフィックスが付きます。
同一件名でやり取りされたメッセージが複数あって、件名、差出人、日付が同一だったとしても、自動的に異なるサフィックスを付けて保存されるので、ある eml ファイルが別の eml ファイルで上書きされることはありません。
選択した個数のメッセージに対応した個々の eml ファイルは、Thunderbird 固有の管理用ヘッダを含めて元メッセージの内容が完全な形で出力されます。
複数のメッセージが選択されたときの保存では、Thunderbird はこのような動作をとります。
通常、こうしたアーカイブあるいはバックアップは、受信・購読のたびに１件ずつそのつど保存するというよりは、一定の運用フェーズ後（例えば１ヵ月ごととか）にまとめて作業することが多いと思いますから、複数メッセージをまとめて選択・保存することで、それなりに合理的な動作結果を期待できるのではないかと思います。
（余録として、このファイル名のつけ方である程度目的のメッセージを絞り込むことも不可能ではありませんから、このような形の eml ファイルを保存しておけば、確認の必要がある特定のファイルだけをテキストエディタで開いて見るなんてことも簡単にできます。eml ファイルのインポート時は、ファイル名ではなく Subject で件名が定義されます。）
とりあえず以上です。余計なお世話だったらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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