なんとか解決できて良かったですね。
　
[quote="toki"]さっそく
新規プロファイルの設定をしてみようと
プロファイルフォルダを探してみました。[/quote]
なぜ設定のためにプロファイルフォルダを探すのでしょうか。
新規プロファイルの作成はプロファイルマネージャでおこないます。
　　　　参照：「プロファイルの作成」
　　　　[url]http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile#new[/url]

[quote="toki"]プロファイルフォルダの階層をひとつひとつ開いていったところ、
ローカルファイルのTreahファイルだけが4GBものサイズを持っていました。[/quote]
ローカル[b]フォルダ[/b]の Tr[b]as[/b]h ファイル（ごみ箱）ですね。
「ごみ箱」フォルダが操作不能になったので Trash ファイルを直接削除することで解決
されたわけですね。
今後同様の現象に遭遇された方々には有用な事例情報になると思います。

フォルダのサイズ（容量）制限は通常 4GB です。

Snow Leopard (Mac OS X 10.6.x) と Leopard (Mac OS X 10.5) とではサイズ制限の
違いかあるのかどうか不明ですが、アップデートで問題が表面化したのでしょうか。
アップデートするまでに 4GB 近くのサイズになっていてアップデート後のメッセージ削除
などでついに制限に達したという状況のようにも見えますね。

今まで「フォルダの最適化」や「牽引を再構築」を適時実行されていたかは不明ですが
おそらく要約ファイル (.msf) が肥大化していたか、削除したメッセージが実際にはゴミ
として大量に残っていたのではないかと思われます。
今後は「フォルダの最適化」を随時実行されるのをお勧めします。

【補足】
「最適化」を半自動的に実行できるようにしておきましょう。
[環境設定] > [詳細] > [ネットワークとディスク領域] > [ディスク領域] で「ディスク領
域を　　KB 以上節約できるときはフォルダを最適化する」にチェックを入れて有効にして
おきましょう。（サイズはデフォルトの 100 KB でいいでしょう）

＊製品名は thunderbird ではなく Tunderbird です。
＊ハンドル名をゲスト投稿時の tokikawa さんからユーザ登録して toki さんに変更され
　 たのならばその旨ひと言断るようにしましょう。
　

kiki様
どうもありがとうございます。

さっそく
新規プロファイルの設定をしてみようと
プロファイルフォルダを探してみました。

プロファイルフォルダの階層をひとつひとつ開いていったところ、
ローカルファイルのTreahファイルだけが4GBものサイズを持っていました。

これだけが異常に大きなサイズを持っており、
原因はこれだろうと推測は出来たのですが、

thunderbirdからは、このdataが見えず、何も無い状態になっていて、
実際には、このTreahファイルは限界サイズになっている状態ですので、
新たにメールの削除＝ゴミ箱に移動が出来ない状態になっていたのですね。

なぜこのように、表示と実態が異なっていたのかは定かではありませんが、
この異常なTreahファイルを削除して動作させてみたところ
メールの削除が出来るようになりました。
一応プロファイルのdefaultも名前を変えておいたのですが、
もう一度元に戻して動かしたところ、正常に動作できました。

プロファイルのご指摘をいただいたので解決をすることが出来ました。
どうもありがとうございました。

　
はじめに検索をしてみましょう。
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。[/color]


「ゴミ箱フォルダが一杯で、これ以上メッセージを保存できません。 」をキーワードにしてこ
のフォーラム内を検索すると以下の過去トピックがありました。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=8107][解決済み] メールが削除できない[/url]

また Mac OS X を Snow Leopard (Mac OS X 10.6.x) にアップデートしたらおかしくなっ
たという報告や質問が散見されます。
Snow Leopard をキーワードにしてこのフォーラム内を検索したら以下の過去トピックが
ありました。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9060][解決済み] Snow Leopardにアップデートしたらメールの受信ができなくなりました。[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9132]Mac OS 10.6.1にアップデートしたら送受信が出来なくなりました…[/url]

上記の過去トピックではいずれも新規プロファイルを作成してそれを適用する対処方法を
取ったことで解決できたとあります。
直接の原因は不明ですが、OS のアップデートの際にプロファイルに不具合が起きたもの
と思われます。
過去トピックを参考にされて同様に新規プロファイルの適用を試してみてください。
そして結果をぜひ教えてください。

【補足】
各種ユーザ設定情報やメッセージデータなどはプロファイルフォルダに保管されているしく
みですので多くの不具合は再インストールでは改善されません。
表示されたエラーメッセージのとおり対処をおこなっても改善されない場合は自己流でいじ
らない方が無難です。
Thunderbird のセーフモードで起動したり、新規プロファイルの適用を試してみるのが遠回
りのように思えるかも知れませんが基本的なトラブルシューティングとして問題を切り分ける
有効な対処方法です。
「急がば回れ」です。

【余談】
問題がどこにあるのかの切り分けもできていない段階で開発版の Thunderbird 3 をイン
ストールするのは無茶です。
開発版の Thunderbird 3 はバージョン番号が異なるように別物です。
開発版の Thunderbird 3 は Thunderbird 2.0.0.23 で起きた問題を解決する対処方法と
して開発されているのではありません。
開発途上のものを安易にインストールすると却って不具合を起こしたり、取り返しのつかな
い状態に陥るかも知れません。
　

対処方法を教えていただければ有り難いです。

Mac版のThunderbirdの不具合で困っています。
メールの削除が出来ません。

MacOSはSnow Leopard(MacOS 10.6.1)
Thunderbird2.0.0.23です。

Snow Leopardにアップグレードしたところ、
Thunderbirdのメール削除をしようとすると、
「ゴミ箱フォルダが一杯で、これ以上メッセージを保存できません。
　メッセージを保存する領域を開けるには、古くて不要なメッセージを削除するか、
　フォルダを最適化してください」と表示されます。

ゴミ箱にはメッセージは入っていません。
フォルダの最適化を行っても何も変わりません。

「フォルダの情報を見る」で「索引の再構築」も行いましたが変化無しです。
「迷惑メール」も自動削除をするように設定をしてありますが、同様で、
「削除」そのものが機能しません。

再インストールをしても同じです。
また、βバージョンのThunderbird 3をインストールしたのですが、変化無しで
Time MachineでThunderbird2.0.0.23に戻してあります。

よろしくおねがいいたします。