上手くいきませんか。
では、Firefox を終了した上で、プロファイルフォルダの中の
　・bookmarkbackups（フォルダ）
　・bookmarks.bak
　・bookmarks.html
この３つをデスクトップに退避しておいてから Firefox を起動してみてください。
使用中のプロファイルフォルダの中に新しい bookmarkbackups（フォルダ）、 bookmarks.bak と bookmarks.html が作られていることを[u]確認[/u]したら
メニューのブックマークから「ブックマークの管理」を呼び出し、メニューのファイル　＞　インポートで、［ファイルからインポート］でデスクトップに移動した bookmarkbackups（フォルダ）の日付の新しいものから読み込んでみてください。
ダメな場合は一つ古いものを選択し、上手く読み込めれば大丈夫です。

[quote="maru"]それにしても、この状況はアップデートのバグですかね？ [/quote]不特定多数の環境で同様な問題が起きるのならバグだと思います。
maru さんのケースではアップデート時に、たまたまなにかの問題（OS や Firefox 側に問題が起きたかも）があったのかかも知れません。
ちなみに、私の Win 機では問題なくアップデートできていますし、拡張機能の問題も起きていません。

余談ですけど、アップデートを実行される前に、プロファイルフォルダを丸ごとバックアップしておくとか、最低限ブックマークだけでもエクスポートしておくと、いざと言う時のリカバリーに役立ちますよ。

PH2@Hideさま、こんにちわ。
ご指導有難うございます。
一応、やってみたのですが、どうも反応しなかったので
やり方を間違ったのですかね？
再チャレンジしてみます。
ご教授有難うございました。

それにしても、この状況はアップデートのバグですかね？
今までアップデートしてこのようなことがなかったので
ちょっと焦りました。

ブックマークのバックアップファイルまで辿り着かれているのでしたら、後はバックアップの bookmarks-(日付).html を [b]bookmarks.html[/b] と改名して、プロファイルフォルダの bookmarks.html と入れ替えるだけです。
もし入れ替えた bookmarks-(日付).html で上手くいかない場合は、もう一つ古い日付の bookmarks-(日付).html で試してみてください。

フォーラムの過去トピック、[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=2649]「FireFox2」で登録していた、ブックマークが突然、削除したわけでもないのに、全て消え[/url]で POCH さんが詳しく説明されていますので、そちらも参考にしてください。

初めて投稿させていただきます。
firefoxを2.0.0.1２から2.0.0.13にアップデートしたら
ブックマークが完全に消えてしまいました。
プログラム元のdefaults\profile\bookmarkbackupsフォルダには
前日までのブックマークのバックアップが残っているようなのですが。
どうやって復元したらよいのでしょう？
使用環境は、
OS:Windows XP Pro SP2
です。
ご教授いただければ幸いです。