Firefox2.0系と1.5系は、プロファイルフォルダの中にあるxxxxxxxx.defaultフォルダの中に
bookmarkbackupsというフォルダがあります。
その中に過去5日分のbookmark.htmlのバックアップファイル
(bookmarks-2006-xx-yy.htmlとかなっています、xx-yyは日付)がありますので、
中身のある最新のモノ(テキストエディタ等で開けば中身があるかどうか分かります。)を
bookmarks.htmlにリネームして、既存のbookmarks.htmlに上書きしてみて下さい。
拡張子を表示する設定にしていない場合は.htmlは表示されていないです。
ファイル操作はFirefoxを閉じた状態で行って下さいね。
プロファイルフォルダの場所は以下を参照下さい。
Firefox Help: プロファイルの管理
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile
過去にブックマーク復旧事例がありますので、以下も参考にして下さい。
Firefox/2.0でのブックマークの回復方法について
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=2342
# 1.5系の頃に一度だけブックマークが空っぽになった経験あります。
# 何かの拍子にファイルが壊れちゃったんでしょうかねぇ。