Thunderbird の最適化については、まず下記の公式ヘルプ記事を読んでください。
フォルダーの最適化 | Thunderbird ヘルプあと、このフォーラムの下記トピックもどうぞ。
【レポート】mbox 形式と maildir 形式、「フォルダーを修復」と「フォルダーを最適化」念のため書いておきますと、最適化はメッセージの格納形式が既定の「フォルダー単位 (mbox 形式)」である場合のみ適用されます。
「メッセージ単位 (maildir 形式)」だった場合には不要なものです。
次に「ごみ箱」です。
中のメッセージを選択して削除した場合は通常のフォルダーでの削除と同じ処理です。
メッセージリストからは削除されますが、メッセージの実体データは削除マークが付けられるだけで残っています。
しかし、「ごみ箱を空にする」という操作を行った場合は、実体データも完全に消去されます。
いったんごみ箱のファイルを削除し、再度ごみ箱を生成するという処理だからです。
したがいまして、「ごみ箱を空にする」で掃除をした場合は、最適化を行わなくとも完全に消えます。
ディスク容量のことをずいぶん気にされている様子ですが、
気にしなければいけないほどの容量が日々消費されているのでしょうか。