こんにちは、お世話になります。

Thunderbirdのバージョン67.X.X以前で確認したのですが
「ダウンロードしたファイルをサーバーに残す」をオンにして
件名の「ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバーからも削除する」に設定して
メールの振り分けを行うとサーバーからメールが消えてしまいます
つまり移動は「コピー＆削除」扱いになるのです
アーカイブした時も恐らくそうだと思います（そういう記憶がうっすらとあります）
（これを書いている時点で最新の68.4.1ではどうなっているかは分かりません）
ちなみにPOPサーバーです。
こういう紛らわしい、あいまいな仕様というか、表現は何とかならないものかなあ？と思いました。

個人的なことですが、私のプロバイダのメールボックスの容量は１Gバイトあるので
全部のメールを残したままにしても問題ないのですが
知らずにアーカイブしたメッセージが誤ってサーバーからも消えるのは大問題だと思うので
こういう仕様を明確にして欲しいものです
アーカイブするぐらいですから、サーバーにも残っていた方がいいに決まっています。

表現通りの機能にして
「強制的にサーバーからも削除」等の機能があればいいと思う今日この頃です。

ほとんど愚痴ですが
コードを書き換える手間を考えると
設定のところに「振り分やアーカイブしたメールはサーバから削除される」と書いておくだけ良いと思います。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:72.0) Gecko/20100101 Firefox/72.0

n_gale さん、maji とゆ者です。

まだ何方からも返信コメント無いみたいですね。
ちと気になったのでテストしてみました。

テストしたのは

Windows 10 pro (64bit)
Thunderbird 68.4.1 (64bit)

です。
私は普段は Thunderbird を POP で使っていて、
n_gale さん同様に「ダウンロードしたファイルをサーバーに残す」有効にしてますが
「ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバーからも削除する」は無効にしてます。
今回は
新しくプロファイル作り
「ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバーからも削除する」
を有効にしてテストしました。


「メールの振り分けを行う」とは
正しくは「メールの振り分けで移動を行う」事だと思うのですが
私の手元では振分移動もアーカイブもサーバ上のメールは削除されません。
なお、
移動した及びアーカイブしたメールを削除すると
該当メールは確かにサーバ上から削除されました。

とゆ事で
私の手元では n_gale さんお困りの事象は再現出来ません。

-----

【依頼】

　n_gale さんのお手元で行われた操作(手順)を他者に判る様にお教えください。
　操作(手順)をお示しいただければ同じ操作(手順)でテストしてみます。

-----

では。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:72.0) Gecko/20100101 Firefox/72.0

Yahoo!メールのPOPアカウントで改めて試しましたが、私も同じ結果となります。
ユーザーが操作として削除した場合、迷惑メールを削除した場合にサーバー上から削除されます。
（余談になりますが、Yahoo!メールはブラウザからWEBメール画面を開いてる際には削除受け付けないみたいです）


なんとなく、IMAPの別アカウントの挙動と混同されているような気がします。


POPに関して言えば、もともとメールクライアントで受信した際にはサーバーから削除するという動作が基本でした。
「ダウンロードしたファイルをサーバーに残す」というオプションになっているのはそのためです。
そして、メールクライアントにおける「アーカイブ」というのはバックアップ機能ではなく、受信トレイを整理するための機能です。
アーカイブも共有が必要ならIMAPを使うべきでしょう。

【追記】
念のため Thunderbird 60.0 でも確認してみましたが、移動やアーカイブ操作でサーバーのメールは削除されませんでした。
67.x.x については確認していませんが、それはbeta版であり、仮に特定バージョンで n_gale さんのおっしゃる挙動があったとしても、まず通常版で確認しておくべきでしょう。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:72.0) Gecko/20100101 Firefox/72.0