※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。fhB さんが書きました:
Thunderbirdをアップデート更新する度に、タグ設定が変わる又はメール紐付けが全てリセットされるので困っています。
状況から察するに、特定のバージョンではなく複数のバージョンにまたがって起こっていることのようですが、直近で発生したときの Thunderbird のバージョン、OS 環境など、質問の基準となるような情報をいただけると、このトピックを見たユーザーさんがそこに立脚した考察や検証をやりやすくなります。
以下、Thunderbird 60.x / 68.x に軸足を置きつつ、Thunderbird 全般のタグ機能について考察します。
問題が発生するアカウントの種類は、IMAP ですか、POP ですか。
このフォーラムの過去記事にも、タグに関するトピックがいくつかあり、その中で IMAP アカウントで Thunderbird のタグを使う場合の注意点が述べられています。
このあたりは、次の記事も参考にしてみてください。
（参考）
・Tags - MozillaZine Knowledge Base ＞ IMAP
kb.mozillazine.org/Tags#IMAP
ご承知のことと思いますが、Thunderbird の一般論として、タグについては次のような諸点が関連し合って存在します。
（1）タグの名称（意味）と配色の設定は、prefs.js に保管されています。
ここで定義されたタグを任意のメッセージに付与したとき、
（2）送受信してローカルに保存されたメールのソース内にある管理用のヘッダ（X-Mozilla-Keys）に指定されます。
（3）このヘッダ情報はまた、スレッドペインの表示用に存在する msf ファイルにも反映されます。
一般に、Thunderbird の自動更新でバージョンが上がっても、同じプロファイルが継承されていれば、prefs.js のタグ情報自体は継承されます。
上記の各要素の連携が崩れていなければ、それまでのタグの意味と配色は維持されるはずです。
POP アカウントでは、ローカルに保存された個々のメッセージのヘッダとサマリーに付与されたタグ情報も、普通は消えませんから、原則的には上記の条件が維持されます。
IMAP アカウントでは、（1）と（2）の関係性が IMAP サーバーの仕様等に左右されるケースがあるという話なのですが、IMAP サーバー側でも、Thunderbird 側でも、更新に際してタグ関連の保存情報にいっさい変化はないまま、ご質問のような問題が起こるということでしょうか。
「メール紐付け」と仰っているのは、具体的に何のことを指しているのかよくわかりません。スレッド表示のことでしょうか？？
冒頭の環境条件の件も含め、運用状況や更新の実際のところを、もう少し具体的にご説明いただければ、他のユーザーさんたちからもアドバイスが寄せられるんじゃないでしょうか。
fhB さんが書きました:
過去ログにCCleanerが原因かもというトラブル報告がありCCleanerの設定を確認したのですが、それらしき要因を特定できません。
すっかり悪者にされた感のある CCleaner ですが、CCleaner の削除項目に Thunderbird のタグ情報は入っていなかったと思います。
以前に起こったような prefs.js そのものを破損させるような問題があれば、タグ情報も読み込めなくなる可能性はありますが、タグの問題だけでは済まなくなりアカウント自体が正常に動かなくなるでしょう。
断定はしませんが、他の部分は正常なままタグ情報だけに問題を起こす CCleaner の動作は、ちょっと思い当たりません。
ストレートな解決策ではありませんが、とりあえず思いつくことを述べさせていただきました。的外れな話になっていたらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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