※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、Thunderbird のバージョンだけでなく、OS の種類とバージョンなど、使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。（背景）
従来、日本語の電子メールの送受信では文字エンコーディング方式として ISO-2022-JP が使われることが多かったのですが、最近では Unicode 体系のひとつである UTF-8 が使われます。
ざっくりした言い方ですが、UTF-8 のほうが使える文字の種類がずっと多く、丸付き数字など従来使えなかった文字種でも大丈夫です。メールをやり取りする双方が UTF-8 に対応していれば、文字化けなどのトラブルが起こる確率はずっと小さくなります。
（そのほか、例えば日本語とロシア語とか、日本語と韓国語など、複数言語が混在したメールも大丈夫です。）
（本題）
さて、細かな経過は省かせていただきますが、Thunderbird では表示用の言語体系で「日本語」と「Unicode」が別々に設定されています。
次の設定箇所を確認し、必要なら変更してみてください。（以下、Windows 版 Thunderbird 60.7.1 の日本語表記名で書きます。）
[オプション] -> [表示] -> [書式] -> [フォントと配色] にある [詳細設定] ボタンを押すと、[フォントと文字エンコーディング] というダイアログが開きます。
この最上位にある [対象言語] で [他の表記体系] を選択します。
[他の表記体系] はリストの一番下にあるはずです。少々分かり難いですが、この [他の表記体系] が UTF-8 のフォントと文字サイズの設定になります。
[他の表記体系] が選択された状態で、下にあるプロポーショナル、明朝体（Serif）、ゴシック（Sans-serif）、等幅（Monospace）のフォントを選択してください。日本語表示なら、日本語用のフォントを選択します。
[プロポーショナル] と [等幅] には、サイズ指定欄があります。好みのサイズを指定してください。
[対象言語] で [日本語] を選択しているときのフォントやサイズと同じように [他の表記体系] を設定しておくと、ISO-2022-JP のメールでも、UTF-8 のメールでも、同様の表示をするようになります（プレーンテキストの場合）。
（注１）
[フォントと文字エンコーディング] ダイアログの中ほどにある [フォント制御] -> [プレーンテキストメッセージに等幅フォントを使用する] にチェックがついていると、プレーンテキスト形式でメールを表示するときは、[等幅] で指定したフォントとサイズが使われます。
（注２）
[最小フォントサイズ] は [なし] が初期値ですが、受信メールの条件によっては文字サイズが思いっきり小さくなってしまうことがあります。そうした事態を避ける意味では、適度なサイズを指定しておくほうがいい場合があります。
この設定箇所を確認しても問題点は見当たらないとか、修正してみたが変化がないということであれば、もっと別のところに原因があるのかもしれません。
「丸数字（環境依存文字）が小さく表示される」メールのメッセージソースを見るなど、立ち入った調査が必要かもしれません。
ドーベル さんが書きました:
これは、Thunderbirdで丸数字などの環境依存文字を使わない方が良いということでしょうか？
電子メールそのものに仕様・規格が決まっていて、Thunderbird のようなメールクライアントや、メールサーバーは、その規格に基づいて動作することが暗黙の前提になっています。共通のルールでデータが処理されることで、いろんな相手と正常に文書のやり取りができるわけですね。
通常、個々のユーザーが使うメールソフトが、そのあたりの処理を自動的にやってくれますが、設定ミスやソフトウェアのバグ、古過ぎるバージョンを使い続けているなどの事情があると、うまく機能しないことがあります。一方が電子メールの仕様・規格を忠実に守っていても、他方がそこから外れた使い方をしていれば、様ざまなトラブルが起こりやすくなります。「共通のルールで運用する」が、電子メールをトラブルなく使う上での土台でしょう。
そういう意味では、相手次第です。
昨今では、スマートフォンでのメール送受信の普及と相まって、UTF-8 で日本語メールを送受信するケースが多くなっており、たいていは問題なく取り扱えると思います。
ドーベル さんが運用なさっている Thunderbird で、どんな相手とメールのやり取りをすることが多いかに左右されますが、UTF-8 の文字エンコーディングでやり取りできている相手となら、丸付き数字を使っても普通は問題ないはずです。
（注）
ただし、HTML メールでは、送信側でフォントの種類やサイズを指定できるので、作りの粗雑な HTML メールは、送信側の意図とはまったく無関係に、受信側で思いもよらないトラブルを発生させる可能性があります。
プレーンテキスト形式で作られたメールは、シンプルな分そういう心配はなく、受信後の表示は受信側の設定で決まります。
（本当の意味で HTML メールを使いこなすには、それ相応のスキルが求められる、ということですね。）
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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