いつの間にかthundirbirdの挙動がおかしくなり，自分で解決できず，初めての投稿が質問で申し訳ないのですが

全てのメールをアーカイブする際に，ローカルフォルダーのアーカイブフォルダーにアーカイブする設定にしているのですが
「アーカイブしたはずのメールが表示されない」現象がおきました．（いつから起きたかは不明）

試行錯誤した結果，おそらく　(エクスプローラー表記で)　
　　　　　(1) 当初は，"archives"フォルダーが作成され，アーカイブ動作によりメールが"archives"に移動し，
　　　　　　　"archives"内を参照していたが
　　　　　(2)いつのまにか　"アーカイブ”フォルダーが作成され，
　　　　　　　アーカイブ動作によりメールは"archives"に移動する動作をしたまま
　　　　　　(空の)"アーカイブ”フォルダーを参照している． らしいことが分かりました．　
　　　　　　　
すなわち，エクスプローラー表記で「archives」と「アーカイブ」が別々に作成され，
メールを「archives」に移動させながら，「アーカイブ」を参照しているみたいです．

しかしローカルフォルダーを自体を一新させて（例えば，testフォルダーを作成し)テストメールをアーカイブすると
やはり「archives」と「アーカイブ」が別々に作成され，結果的に参照できない現象が起きます．

とりあえず，defaultではなく自分で作成した新規フォルダーにアーカイブすることによりうまく動作しているようですが，
他のフォルダーを見ると，　エクスプローラー表記で，sent と送信済みトレイ，下書き，draftなど混在しています．
今のところ，アーカイブ以外に問題が生じていないみたいですが，不安ではあります．
このあたりの設定はどのようになっているのでしょうか？

※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。

少し時間が経っていますし、ご利用の OS の種類や Thunderbird のバージョン等の基本的な情報が不明なので、今の段階ではごく一般的なことしか書けませんけど......。

（推奨）
既存のプロファイルをきちんとバックアップしておくことをお勧めします。
すでに何らかの障害が発生している可能性もありますが、よりマシな状態を確保しておくという意味で提案します。定期的にバックアップを取っておられるのなら、それらを大切に保存しておいてください。万一の場合の復旧に役立つと思います。

（本題）

ユーザーが意識的に日本語名の「アーカイブ」や「送信済みトレイ」などのファイルをプロファイル内に生成させたわけではないのなら、仰るような混在状態になっていることも、アーカイブ機能がご提示ような動作になることも、明らかに異常だと思います。

以下、「エクスプローラー表記」と仰っているのはプロファイル内をエクスプローラーなどのファイル管理画面で表示したというお話だとして、Thunderbird のフォルダーペインに表示される標準のフォルダー群と、それに対応するプロファイル内のファイル群の基本的な関係を書きます。

（一般的な表示と動作の説明）
Thunderbird の標準のメッセージ格納形式は mbox 形式ですが、この形式では Thunderbird 上のフォルダーペインに表示される１フォルダーは、プロファイル内では１ファイルとして存在し、そのファイルに複数のメールデータがまとめて保存されています。

Thunderbird が標準で持っているフォルダー、すなわち [受信トレイ] 、[送信済みトレイ] 、[下書き] 、[ごみ箱] 、[アーカイブ] 、[迷惑メール] 、[テンプレート] 、[送信トレイ] などの実体ファイルの名前は、Linux 、Mac 、Windows などの各プラットフォーム、およびそれぞれの各言語版のすべてにおいて共通で、（大文字・小文字の区別も含めて）固定された名前とオリジナルのフォルダーアイコンを持っています。

以下、Windows 向け日本語版の表示名と実体ファイルの関係を例示します。
【標準フォルダーの表示名　――　プロファイル内の実体ファイル名】
　[受信トレイ]　――――　Inbox
　[送信済みトレイ]　――　Sent
　[下書き]　――――――　Drafts
　[ごみ箱]　――――――　Trash
　[アーカイブ]　――――　Archives
　[迷惑メール]　――――　Junk
　[テンプレート]　―――　Templates
　[送信トレイ]　――――　Unsent Messages

厳密には、[受信トレイ] などの名前のほうが表示名であり、各プラットフォーム・各言語版によって表示名は様ざまに変わりますが、実体名は Inbox などに固定されています。表示名が [受信トレイ] だからといって、実体ファイル名も "受信トレイ" になることはありません。
Inbox や Sent など既定のファイル名であることにより、標準状態でそれぞれの役割に応じた働きをしますし、決ったフォルダーアイコンで表示されます。

ただし、[アカウント設定] -> [<アカウント名>] にある [送信控えと特殊なフォルダー] および [迷惑メール] で、対象フォルダーを変更することは可能です。
ここでユーザーが指定したフォルダーが、標準フォルダー相当の働きをするようになります。
例えば、[ローカルフォルダー] の下に [保管庫] という名前のフォルダーを意識的に作り、[送信控えと特殊なフォルダー] -> [メッセージの保管] で [その他のフォルダーを指定する] を選択し、この [保管庫] を指定すると、[メッセージ] -> [アーカイブ] を実行したとき、[保管庫] の配下にアーカイブが保存されるようになります。[保管庫] のフォルダーアイコンも変わります。

すでに標準の [アーカイブ] フォルダーが存在しているアカウントやローカルフォルダーの配下に、新たに [アーカイブ] という名前のフォルダーを作ることはできませんし、生成済みの標準フォルダーをフォルダーペインから削除することもできません。
しかし、プロファイル配下のアカウントフォルダー内に直接、日本語で "アーカイブ" という名前を付けたファイル（拡張子なし）を作ることはでき、そうすると起動した Thunderbird のフォルダーペインには、当該アカウントの配下に２つの [アーカイブ] フォルダーが表示されます。ただし、フォルダーアイコンは異なっているはずです。オリジナルのフォルダーアイコンで表示されているほう（通常は Archives のほう）が、アーカイブ機能の受け皿として働きます。


「このあたりの設定」と仰っているのが、Thunderbird の標準的な仕様のことを意味しているのであれば、おおむね上述のようになります。

ご質問の文面を拝見する限り、普通では起こらないことが起こっているように見えます。
lefty さんのところで、どのような経過とどんな原因があってご質問のような状態に陥っているかを明らかにし、その問題点を解消することが重要だと思います。
この点については、いまある情報だけでは何とも申し上げられないので、いま一歩踏み込んだ情報を追記していただけると、他のユーザーさんからも追加のアドバイスが寄せられるかもしれません。

（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; Win64; x64; rv:67.0) Gecko/20100101 Firefox/67.0

連投ですみません。以下、補足です。

（参考 -- 共通認識を持つために）
---（Thunderbird のメインウィンドウの概要）----------------------------------------
┌─┬───┐
│　│　Ｔ　│
│Ｆ├───┤
│　│　Ｍ　│
└─┴───┘
Ｆ：フォルダーペイン（Folder Pane）…… アカウントとフォルダーの一覧
Ｔ：スレッドペイン（Thread Pane）…… Ｆで選択したフォルダー内のメッセージ一覧
Ｍ：メッセージペイン（Message Pane）…… Ｔで選択したメッセージの内容（本文＋添付）
-----------------------------------------------------------------------------------

Thunderbird 上で表示されるフォルダー構造は、プロファイル内の構造と対応関係を保っていますが、本質的にはプロファイル内の構造のほうが実体です。
仮に、フォルダーペインが次のように表示されているとします。

[ローカルフォルダー]
　├ [受信トレイ]
　├ [アーカイブ]
　│　　├ [2018]
　│　　└ [2019]
　├ [送信トレイ]
　└ [ごみ箱]

このとき、プロファイル内の [Mail] フォルダー配下の [Local Folders] 内は次のようになっているのが正常で、この構造の反映として上記フォルダーペインの表示がある、といえます。

[Local Folders]
　├ Inbox
　├ Inbox.msf
　├ Archives
　├ Archives.msf
　├ [Archives.sbd]
　│　├ 2018
　│　├ 2018.msf
　│　├ 2019
　│　└ 2019.msf
　├ Unsent Messages
　├ Unsent Messages.msf
　├ Trash
　└ Trash.msf

とくに変則的な使い方をしているのでない限り、Thunderbird の標準的な動作の中で、標準フォルダー群に対応するプロファイル内のファイル群は常に固定されていて、変動することは考えられません。例えば、[送信済みトレイ] の実体ファイルの名前は "Sent" に決まっており、決して "送信済みトレイ" にはなりません。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; Win64; x64; rv:67.0) Gecko/20100101 Firefox/67.0

どうもありがとうございます．

OSはWindows10 (適宜updateずみ)thunderbirdは現在60.6.1で，
POP3方式のmaildir形式なんですが

実は

　「自宅でも職場でも適宜両者のメイルを確認したいし，
例えば一旦自宅で既読したメールや振り分けたメールは
　　そのまま職場に反映するなど，同期したい．
　　しかし職場はIMAPが通らずPOP3にせざるを得ない」

という事情があり

POP3にして，下記のようにプロファイルごとネットディスクと同期させています

自宅PC上のプロファイル <-> ネットディスク　<-> 職場PC上のプロファイル

もちろん各々のthunderbird起動やPCシャットダウンは同期が完了してから
行うように気を付けてはいますが
「何かの拍子に同期が狂って壊れるかも」という自覚を正直持っており．．．．
頻繁にバックアップはとっております．

で今回は既に
「実体ファイル表記でArchivesのみ存在しているバックアップ」
で復旧させております．

しかし現在，自分が明示したフォルダー以外に
\Mail\local folders下にはArchives, Trash, Unsent Messagesがあるのですが
\Mail\(プロファイル1)下にはDrafts, Inbox, Trash, 送信済みトレイ
\Mail\(プロファイル2)下にはInbox, Trash, 下書き，送信済みトレイ
と日本語，英語が混在しています．
幸い，現在各々のプロファイル下のフォルダには例えば下書きとDraftsが
両方存在ということはなく，一見問題なく動いています．

しかし仰るようにプロファイル1のフォルダーペインの下書きアイコンは
それっぽいアイコンですが，
プロファイル2のフォルダーペインの下書きアイコンは
自分で作ったアイコンになっており異なります．

すなわち，ずいぶん前からプロファイルが壊れていたという事でしょうか．
説明を聞く限り「アーカイブ」や「下書き」といった実体ファイルを作成する
壊れ方があるのかわかりませんが．．

いずれにせよ，時間があるときに，プロファイルを一新してみます．
どうもありがとうございました．

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/74.0.3729.157 Safari/537.36

こういう重要な情報は何よりも最初に書いてほしかったと思います。
偶然的通行人さんからThunderbirdのメールフォルダーの仕様をわかりやすく説明していただけましたが、これはデフォルトの「フォルダー単位 (mbox 形式)」の場合です。
何も断りが無ければmbox形式と思うのは当然です（特に古いユーザーなら）。
インデックス情報であるところの拡張子.msfのファイルが生成されるのは同じですが、メールフォルダーのメールデータ本体は、

• mbox形式：メールフォルダー名の拡張子無しファイルにメールデータが連結して格納される。
• maildir形式：メールフォルダー名のフォルダー内のcurフォルダーに1メール1ファイルとして格納される。

という違いがあります。

私はmaildir形式での運用経験が無かったので実際に試してみました。
偶然的通行人さんの表記に合わせるなら、たとえばYahoo!メールのPOPの場合、こんな感じになりますね。

ネットディスクを介した同期手続きが具体的にどういうものなのかわかりませんが、少なくともGoogleドライブやDropboxのように自動的に同期するようなことは、Thunderbirdのプロファイルやメッセージ保存先に対してはすべきではありません。

とありますので自動ではないと思いますが、マージ（混ぜ合わせる）するような同期はダメです。
やるなら、作業開始時にオンラインストレージから圧縮した環境をダウンロードしてそれを展開してローカル環境を置き換え、作業終了時にローカル環境を圧縮してオンラインストレージへアップロードする。
オンラインストレージでは絶対にマージせず、新規に格納する（古いのはバックアップ）。
というのが望ましいです。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:66.0) Gecko/20100101 Firefox/66.0

申し訳ございません．EarlgreyTeaさんのおっしゃる通りです．
ただ，どうみても明らかにおかしな壊れ方と認識すれば，質問せずおとなしくバックアップ復旧しましたが，

「壊れたのならば，「archives-1」を作成するとか，全く作成しないとか，意味不明なフォルダー名を作成するとかになるであろう．
わざわざ「アーカイブ」という日本語表記フォルダーを作り，何度やりなおしてもそのようになることはないであろう．
おそらくどこかに日本語，英語表記を切り替える設定があるはずで
そこを直せばよいと思うがどこに設定があるかわからない」と思ったから質問した次第です．

しかし説明を聞くかぎり，
「トラブルによって「archives」が作成できなかったから次候補（？）の「アーカイブ」が作成された」
のような訳でもなさそうです．ただフォルダーペイン（？）にはアーカイブと日本語表記されるので
「archivesは日本語でアーカイブ」というルールはあるようですが．

いずれにせよ申し訳ございませんでした．

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/74.0.3729.157 Safari/537.36

まず、誤解があるように思いましたので、それについて。


私は、「質問せずにおとなしくバックアップ復旧すべき」などと申し上げたつもりはございません。
あまり柔らかくない言い回しだったかもしれないのですけれど、私が申し上げたかったのは、
起こった現象やその経緯、leftyさんがやったこと、考えたことなどを、
変にフィルターせず、ありのままを書いて共有してほしいということなのです。

メールの格納方式をmaildirにしていたとか、自宅と職場でプロファイルとメールデータを同期させて運用していたとか、
書いていただかないと掲示板の向こうの他人にはわからないわけです。
また、という論理により、というご質問に至った、ということも書いていただかないとわからないのです。
そして、書いていただけていれば「Thunderbirdが設定でそういうことをするとは考えにくいです」とひとまずお答えできたでしょう。

では、本題の方です。
フォルダーペインの「アーカイブ」「送信済みトレイ」「下書き」といった特殊なフォルダーは、実際に使われる際に自動的に作成されるものなのですが、もしかして、それらが自動的に作成される前に、ご自身でフォルダーペイン上でフォルダー作成したのではありませんか？
そうだとすると起こったことの説明が付きます。

たとえば「アーカイブ」というのは、実体名「Archves」を日本語版Thunderbirdで表示する際の名前にすぎません。
あくまで本当の名前は「Archives」で、表示する部分で Archives → アーカイブ という置き換えをしているだけなのです。

ここで注意したいのは、アーカイブ → Archives ではないということです。
もし、自分で特殊フォルダーを作成しておきたい場合（ごみ箱が意図せず消失した際の応急処置として行われたりします）、フォルダーペインで作成すべきフォルダーの名前は、実体名の方でなくてはなりません。

実体名でフォルダーペインにフォルダーを作りますと、実体名のmboxファイルまたはフォルダーが作成され、フォルダーペインを再表示すると日本語名に変わるのです。
もし、日本語名でフォルダーペインにフォルダーを作りますと、日本語名のmboxファイルまたはフォルダーが作成されてしまいます。
日本語名の実フォルダーが混在しちゃっているのは、こういうことだろうと思います。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:66.0) Gecko/20100101 Firefox/66.0

お騒がせしてすみません．

皆様の助言に従い，プロファイルを新規作成し移行したのですが，
再度，同様の現象が再現されたので報告いたします．

結論から言うと，「投稿した状況ではなく，再現した状況では」
Archivesを手動で消してしまったことによって起きた模様です．

今回の行動は
1. 新規プロファイル作成し　
2. ローカルフォルダーにアーカイブされるように設定．その時点で，Archivesが作られる．
3. しかし方針変更し，別アカウントにアーカイブするように設定した

4. そうするとフォルダーペイン上にローカルフォルダー下にアーカイブという空のフォルダー
　 が残ってしまい，使わないので消したいが消せない．（消す方法はあるでしょうか？）
仕方ないので 「エクスプローラー上で消去」　した

5. その後，気が変わって，やはり2. に戻そうとし設定しなおしたら
　「アーカイブ.msf」 「アーカイブ」フォルダー　「Archives.sbd」 フォルダーが作成され
　 メールは「Archives.sbd」下の「2019」下の「cur」に存在するが
　thunderbirdは「アーカイブ」を参照している模様で空っぽ．

実は同様な作業はarchives以外ではずいぶん前に施行した自覚があり，
おそらく「送信済みトレイ」などが作成された原因かと類推します．
その際は，msfファイルとフォルダーが「送信済みトレイ」などと一致していたため，
一見問題にならず気づかなかったと類推します．archivesでは問題になるのでしょうか？

ただもう一つ，誤解がないように言っておきたいのは
（一見）問題がないように動いていたバックアップ日から投稿日まで
そのような作業はしておらず，そういう意味では投稿した現象の原因は
不明のままかもしれないということです．

ただ，それに関しても，
ネットドライブとの同期している間にトラブルがあり，気づかないうちに
上記の状態に陥ってしまったということは十分考えられると思います．

ここからは類推ですが
「何らかのトラブル時に，thunderbirdは日本語表記のmsfファイルやフォルダー
　を作成することがある．その際，msfファイルとフォルダー表記が一致していれば
　一見問題ないが，日本語と英語が混在してしまうことがあり得る」
という事でしょうか？


いずれにせよ，私の誤った操作の結果であることは間違いなく
お騒がせしたことをお詫びいたします．

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/74.0.3729.157 Safari/537.36

leftyさん、お騒がせとか、そういうことはよいのですよ。
ここは一緒に考えて問題を解決していく場です。

leftyさんの手順を元に再現確認を行って検証しようとしたのですが、わからない点があります。

私の場合、新規プロファイルで「オプション＞詳細＞一般＞高度な設定」にて、新しいアカウントのメッセージ格納方式をmaildiに設定し、Yahoo!メールのPOPアカウントを追加したところから始めました。


「アカウント設定＞送信控えと特別なフォルダー」において、アーカイブの保存先を「次のアカウントの"アーカイブ"フォルダーとし、ローカルフォルダーを選択した時点では、Archivesが作成されることは無いはずです。
実際にアーカイブ操作をする必要があります。
しかし、そうするとと矛盾してしまいます。

一方、「その他のフォルダーを指定する」に設定した場合、選択肢から選ぶためには事前にローカルフォルダーにアーカイブ(Archives)フォルダーを用意しておく必要があります。
この場合、どのようにフォルダー作成を行ったのかが重要なポイントになります。

実際にはどうやったのでしょうか？

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:66.0) Gecko/20100101 Firefox/66.0

言葉足らずですみません。正確にいうとおっしゃる通り

2.0 ローカルフォルダーにアーカイブされるように設定．
2.1 メールを実際に、アーカイブ実行
　　→　フォルダーペインに"アーカイブ"が出現　
　　　　エクスプローラーにarchives.msf及びフォルダーが出現

3 別アカウントにアーカイブするように設定し2.1と同様の操作

4 ローカルフォルダーのフォルダーペインにアーカイブが残存
　　　使用する予定がなくなったので消去したくエクスプローラー上で
　　　消去。フォルダーペイン上の表記もなくなった
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
5. その後、戻そうとして2.0 及び2.1を再度行うと
　「アーカイブ.msf」 「アーカイブ」フォルダー　「Archives.sbd」 フォルダーが作成され
　 メールは「Archives.sbd」下の「2019」下の「cur」に存在するが
　thunderbirdは「アーカイブ」を参照している模様で空っぽ．

です。


更に、環境が残っていないので正確な状態は記載できないのですがmbox形式で上記を施行すると

5' 「メールを保管する十分な領域がない（うろ覚えですが、そのような内容）」
のエラーメッセージがでました。
　　エクスプローラー上では、拡張子までは覚えていないのですが
　　やはりアーカイブとarchivesという名前が両方ありました。
　　（繰り返しますが、拡張子までは覚えていないので2つずつあったのか
　　　例えばファイルはアーカイブ、フォルダーはarchiveなどと１つずつだったのかは不確かです)

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/74.0.3729.157 Safari/537.36

連続投稿ですみません。
（長すぎると、spamとして拒否されるのでしょうか？）

最初の投稿に記載したように
一旦5.になると、"ローカルフォルダーのメッセージの保存先"を新規フォルダーに設定しても
5.の状態から抜け出せないので、やはり

　A. archiveメール移動先フォルダー名：　英語
　B. archiveメール参照先フォルダー名：　英語
のような設定がdefaultであり、更にトラブル発生時は英語　→　日本語　に変更される

その際、A.B.同時に変わったら一見問題なく動くが、今回のarchivesの場合
B.だけ日本語に変わりA.は変わらなかったので5.のようになりメールが参照できなくなった。

そして、"ローカルフォルダーのメッセージの保存先"を変更しても、この設定は変わらないので
5.の状態から抜け出せない。(もちろん、プロファイルごと一新すればdefaultの英語に戻る)

のように類推するのですが。。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/74.0.3729.157 Safari/537.36

素早い応答ができなくて、すみません。

追加情報、ありがとうございます。＞　lefty さん
フォロー、ありがとうございます。＞　EarlgreyTea さん

今回も走り書きみたいなレベルですが、ご容赦を...。


Thunderbird のバグである可能性が考えられます。
基本的な仕様は前便で申し上げたとおりですが、フォルダーペインの表示が動的にローカライズされることとの関連で、予期しない問題が発生しているのかもしれません。

maildir 形式か mbox 形式かを問わず、Thunderbird に新しいアカウント（N）を設定したとき、アーカイブの初期設定は、そのアカウント内の [アーカイブ] フォルダ（実体名は "Archives"）が対象になっています。
そのアカウント配下に保存されているメール、例えば [受信トレイ] 内のメールに対してアーカイブを実行すると、初回はそのアカウント内に自動的に [アーカイブ] フォルダー（オリジナルアイコンの）が生成され、その配下に対象メールがアーカイブされます。
このとき、プロファイル内にできるのは、"Archives" という名前のファイル（mbox）またはフォルダー（maildir）です。（並行して、Archives.msf ファイルと、[Archives.sbd] フォルダーもできます。）

これに対し、アカウント（N）のアーカイブ先を [ローカルフォルダー] 配下に移したいとき、順当に考えればアカウント設定から、[アカウント（N）] -> [送信控えと特別なフォルダー] -> [メッセージの保管] にある選択肢で、[次のアカウントの "アーカイブ" フォルダー] を選び、右側のドロップダウンリストから [ローカルフォルダー] を指定すると思います。

ここに、問題を切り分ける上での分岐点があります。

（1）[ローカルフォルダー] 配下にすでに正常な [アーカイブ] フォルダーが存在している場合。
（2）[ローカルフォルダー] 配下にはまだ [アーカイブ] フォルダーが存在していない場合。

（1）のケースでは、アカウント設定で施した指定が普通に反映されるはずです。
（2）のケースでは、[ロ―カルフォルダー] 配下に、新しく [アーカイブ] フォルダーを生成しなければなりません。問題はこのとき、プロファイル内にどのようなファイル／フォルダーが生成されるかです。

理論上は、プロファイルの [Local Folders] 内に Archives の既定名に基づくファイル／フォルダーが生成されなければなりません。
しかし、もし [次のアカウントの "アーカイブ" フォルダー] のローカライズ名をそのまま使ったファイル／フォルダーが [Local Folders] 内に生成された場合、フォルダーペインの [アーカイブ] としては生成された日本語名の実体ファイル／フォルダーを参照しますが、実際に [アカウント（N）] からアーカイブされるときは Archives に保存されるので、アーカイブの保存結果と、フォルダペインの [アーカイブ] の参照先が乖離することになります。

これまでの経験から得た知見に過ぎませんが、アカウント設定の [送信控えと特別なフォルダー] にある [次のアカウントの "***" フォルダー] は、すでに指定先に適正な対象フォルダーが存在していることが前提になっているように思えます。
しかし、そういう前提は明示されていないので、普通に考えれば指定先に正しい [アーカイブ] フォルダーが新規生成されると理解するはずです。
けれども、本件のように既定名である Archives とは異なる日本語名の "アーカイブ" ファイル／フォルダーができる場合があるのだとすると、ユーザーが期待した設定結果にはなりません。
そういう意味で、ぼく個人は、Thunderbird のバグである可能性を疑います。

予防策
アカウント設定の [次のアカウントの "アーカイブ" フォルダー] でアーカイブ先を変更したい場合は、指定先アカウント（A）に正常な [アーカイブ] フォルダーが存在することを確認してから切り替えてください。
指定先アカウント（A）で、一度アーカイブを実行すれば、アカウント（A）内にフォルダーアイコンがアーカイブ独自のものである正常な [アーカイブ] フォルダーができるはずです。
そのあと、アカウント設定のアカウント（N）から、[次のアカウントの "アーカイブ" フォルダー] でアカウント（A）を指定してください。

あるいは、既定の [アーカイブ] フォルダーにこだわる必要がないなら、ぼくの前便で例示したような感じで、ユーザーが任意に作ったフォルダーを、[その他のフォルダーを指定する] で選択する方法でも、アーカイブ機能そのものは働くと思います。

修正
すでにおかしなかたちでアーカイブされてしまったメールデータのサルベージも、基本的には可能だと思います。
具体的な手順等は、lefty さんのところの正確な現状をふまえないと言及できませんが、大筋はプロファイル内で乖離してしまった "Archives" と "アーカイブ" を適切に統一すればいいことになります。

とりあえず以上です。役に立たない話だったらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; Win64; x64; rv:67.0) Gecko/20100101 Firefox/67.0

私も(少なくともユーザー目線では明らかに)バグだと思います。
帰宅したら調べてみたいと思います。

_________________
Mozilla/5.0 (Android 8.0.0; Mobile; rv:67.0) Gecko/67.0 Firefox/67.0

「Archves」などの「特別なフォルダー」の実体フォルダー/ファイルを直に削除するとダメみたいですね。
フォルダーペインの表示に関する情報は、各 .msf ファイルや、プロファイル直下の panacea.dat や folderTree.json なんかに保存されているので、整合性が取れなくなってしまうみたいです。
アーカイブの保存先設定を切り替えるとフォルダーペイン上の今までの「アーカイブ」は普通のフォルダーになりますので、削除してごみ箱を空にしてやればよいのです。
もし、普通の「アーカイブ」が削除できなかった場合は、すでに不整合が生じてしまった状態なのだと思います。
そして、そういう状態のときにアーカイブ先を自動作成しようとすると、なぜかフォルダーペインの保存情報を使って「アーカイブ」などの実体フォルダー/ファイルを作成してしまう、みたいですね。
表示名と実体名が同じである英語版ではわからない潜在バグが、日本語版で表れているのだと思います。

応急処置としては、行方不明になったアーカイブしたメールはバックアップから復元するとして、「Archives」関連と「アーカイブ」関連、それにプロファイル直下の panacea.dat、folderTree.json を削除してThunderbirdを起動し、念のため再起動後してやれば不整合は解消されるかと思います。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:67.0) Gecko/20100101 Firefox/67.0

本題からは少しズレますし、十分ご承知のことなら余計なお世話になってしまいますが、やはり関連する注意事項として触れておいたほうがいいように思ったので、追記させていただきます。

けっこう重要な注意点
Thunderbird における maildir 形式は、まだ実験段階を卒業できていないことに注意してください。

（一例）
・Thunderbird 60 の新機能 | Thunderbird ヘルプ
support.mozilla.org/ja/kb/new-thunderbird-60#w_maildir-aggaeeoeeacl

この変換機能で mbox -> maildir の変換をおこなった場合、予期しない問題が起こる可能性を否定しきれません。

この変換機能を使わず最初から maildir 形式でアカウント設定をおこなった場合でも、maildir 形式全般が、まだ実験的位置づけを脱しきれておらず、標準の mbox 形式と対等な水準の安定性を持つ選択肢に至っていないことにご留意ください。
とくに、[ローカルフォルダー] は mbox 形式が基本ですが、これを上記の変換機能で maildir 形式に変更したのであれば、今後の運用の中でもそのあたりに十分注意を払ってください。

もちろん実装されている以上、maildir 形式を使うのはユーザーの自由です。積極的に使ってレポート送信やバグ報告を出すユーザーが増えることで改良が進み、実験段階をクリアするのに貢献できます。（メールデータの同期をおこなって複数環境で共有するようなニーズには、maildir 形式のほうが圧倒的に有利ですしね。）
ただ、現時点で maildir 形式を常用するなら、上述のような背景をふまえて、標準の mbox 形式以上に日常的な運用経過に気を配ることをお勧めしておきます。mbox 形式でもトラブルが起こることはありますが、mbox 形式では問題なく maildir 形式でのみ起こる問題も十分ありえますから...。

（関連の参考記事）
・Maildir in Thunderbird | Thunderbird ヘルプ
support.mozilla.org/ja/kb/maildir-thunderbird
・Thunderbird/Maildir - MozillaWiki
wiki.mozilla.org/Thunderbird/Maildir

以上です。十分ご承知のことだったなら、余計なお世話ですみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; Win64; x64; rv:67.0) Gecko/20100101 Firefox/67.0