応答が鈍くてすみません。
EarlgreyTea さん、実際に試していただいて、ありがとうございます。
EarlgreyTea さんが書きました:
また、Android版Firefoxのブックマークを「モバイルのブックマーク」に同期させている環境においても、そこにChromeの「モバイルのブックマーク」の項目がインポートされることはありませんでした。
デスクトップ版 Firefox のブックマークに [モバイルのブックマーク] が表示されている状態でも、Google Chrome の「モバイルのブックマーク」は取り込まれないということですね。
だとしたら、Firefox のインポート機能のバグである可能性も考えられそうです。（いまの時点で具体的なことまではわかりかねますが...。）
（補足説明というか余談というか）
みなさんご存知のように、ブックマークの保存形式や管理方法は、ブラウザによって違いがあります。
その差異を吸収しつつ、データの移植を可能にするインポート機能が、各ブラウザに実装されています。しかし残念ながら、ユーザーの期待どおりのインポート結果にならないこともしばしばあります。
以下は、大筋ではインポートできたが一部に移植できないものがあったとか、全体の一部分だけ移植したい、といった場合の、事後調整のための小技です。
考え方の基本は、ブックマークの軸になるデータはウェブページの URL 、という点です。
ぼくは、Google Chrome を使っていませんが、派生版の SRWare Iron は補助的用途でインストールしています。
Windows OS の環境では、Iron のブックマークをひとつ、デスクトップなどにドラッグ＆ドロップすると、インターネットショートカット（.url）として保存されます。同じ操作を Firefox でおこなえば、同様の結果になります。
システム上に保存されたインターネットショートカットは、たいていのブラウザにブックマークとして取り込めます。ブックマーク管理画面にドラッグ＆ドロップするだけです。（ただし、複数のインターネットショートカットをまとめてブラウザのブックマーク管理画面にドラッグ＆ドロップしても、取り込めないケースはあります。）
最悪でも、ブラウザでそのインターネットショートカットを開き、あとは普通にブックマークすればＯＫです。
本当に力技ですが、上述のようにブックマークアイテムをひとつずつ扱うのを面倒がらずに実行すれば、あるブラウザから別のブラウザへのブックマークの移植は、十中八九完了させられると思います。（データが破損している場合や、ブラウザ固有の特殊なコマンドなどは除きますが...。）
さらにいえば、いったんインターネットショートカットとして保存しなくても、直接ブラウザ間でブックマークアイテムを移植（コピー）できるケースがあります。少数のブックマークアイテムであれば、こういう単純な操作が利用できます。
（例 ―― Windows 環境における）
Iron の [ブックマークマネージャ] でブックマークアイテムをひとつ選択し、Firefox のブラウジングライブラリー画面の [すべてのブックマーク] 配下の任意の場所にドラッグ＆ドロップします。これでそのブックマークアイテムを移植（コピー）できます。逆に、Firefox から Iron に移すこともできます。Google Chrome と Firefox の組み合わせでも、同じようにできるのではないでしょうか。
制約としては、フォルダ単位や複数アイテムをまとめてドラッグ＆ドロップできないこと、ファビコンなどの付随データ類は移植されないものがあること、などでしょうか。（ブラウザの組み合わせによっては、こうした操作自体を受け付けないケースもあります。）
また、ご存知だと思いますが、専用ツール（例：BookSync など）を使い、異なるブラウザ間でブックマークの同期や変換をおこなう方法もあります。
本トピックで挙げられている問題の原因や解決方法まではわかりませんが、事後のフォローアップとしては、インポートできなかったブックマークアイテムを、上述のような方法で個々に補完することが、選択肢のひとつにはなろうかと思います。
とりあえず以上です。役に立たない話だったらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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