だじゃれ さんが書きました:
各メールアドレス配下に、popstate-1.dat 2 3 4 と次々に空フォルダが作成されてしまいます
「各メールアドレス配下」というのは、各メールアカウントってことですよね？
それらのメールアカウントは、IMAP ではなく POP でしょうか？
もしそうなら、ぼくが知っている事例として次のようなものがあります。
%APPDATA%\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\Mail\<AccountName>
この中にある popstate.dat が、何らかの原因で「読み取り専用」属性になっているとか、ファイルのアクセス権限を失っているような事情があると、受信時に popstate.dat の内容を更新できず、popstate-N.dat のような代替ファイルが生成されます。
この場合、Thunderbird を起動中に受信操作をおこなった回数に応じて N が増えて代替ファイルが蓄積されますが、この間は Thunderbird 上でフォルダとしては認識されません。
いったん Thunderbird を終了して次に起動したとき、この popstate-N.dat の一群はフォルダとして認識されてしまいます。
さしあたり、問題が起こっているメールアカウント配下の popstate.dat の書き込み権限がどうなっているか、確認なさってはいかがでしょうか。
同時に、もしも popstate.dat の書き込み権限に問題があったのなら、本来ないはずのことが Thunderbird のプロファイルに起こっていることになります。ということは、他のファイルにも何かしらの問題が起こっている可能性も考えられます。
アカウント配下のフォルダ構造の問題に関しては、フォルダペインの表示情報をキャッシュしているファイル（panacea.dat とか folderTree.json とか）にも注意を払ったほうがいいかもしれません。
プロファイル全体のリフレッシュを図るため、新しいプロファイルに引っ越すのも、選択肢のひとつにはなると思います。
（補足）
POP サーバにメッセージを残す設定にしている場合にこの問題が起こると、受信操作ごとの受信メッセージの情報が popstate.dat には記録されないので、受信操作のたびに同じメッセージが受信されるなど、何かしら不正常な動作が表面化すると思います。そういった兆候がいっさいないのであれば、ここで述べていることが原因ではないかもしれません。
また、仮に popstate.dat に問題があったとして、それを正常に戻したあとの受信時の動作がどうなるかは、これまでどのような条件で運用してこられたかによって変動すると思います。
そのあたりを考慮しつつ、popstate.dat および popstate-N.dat と popstate-N.dat.msf の一群を処理してください。
とりあえず以上です。ご質問の案件が上記に該当しないケースであった場合は、役に立たない話ですみません。
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