件名と送信者が??????????????など、クエスチョンマークの羅列の迷惑メールが来るので、
メッセージフィルタで、件名に????????が含まれる場合メッセージをローカルフォルダの迷惑メールに移動する、
という設定をしているのですが反映されません。
助けてください。

>メッセージフィルタで、件名に????????が含まれる場合メッセージをローカルフォルダの迷惑メールに移動する、

?だけにしてみては・・・
メッセージフィルタの動きでは、?の数が違うと、振り分け出来ないと思います。
含むの設定でも、同じです。
で、１つなら行けると思います。

ただ、題名に?がある友人などのメールも・・・迷惑メールフォルダ行きですが？
除外設定など行う・・・ムリ(^^;

迷惑メールフィルタを利用して、フィルターのトレーニングをすることを、お勧めします。

はずしているかもしれませんが・・・・。
そのメールを「表示」->「メッセージのソース」で見ると、Content-transfer-encodingが8bitとかなっていませんか?
通常使われるのはISO-2022-JPは7ビットという前提で。
メッセージフィルタの項目で「差出人」とか「送信日」が選べますが「追加設定」というのがありますので、
それをクリックし、新規メッセージのヘッダにContent-transfer-encodingと入力して追加をクリックしOKをクリック。
これでメッセージフィルタの項目にContent-transfer-encodingが追加されていると思います。
"Content-transfer-encoding" "が次を含む時" "8bit" というフィルタ条件を設定してみて下さい。
これで好みの動作を設定して下さい。

このフィルタ条件は実際に私使ってます。

> そのメールを「表示」->「メッセージのソース」で見ると、Content-transfer-encodingが8bitとかなっていませんか?
Content-Transfer-Encoding: base64
このようになっています。

> このフィルタ条件は実際に私使ってます。
弊害はないのでしょうか？

Content-Transfer-Encodingが8bitとquoted-printableは迷惑メールフォルダへ
移動する様にしてますが特におかしくなった事はありません。

その迷惑メールがまだあるのなら受信トレイにもどして、条件設定したフィルタを選んで手動で
「今すぐ実行」でテストしてみては如何ですか?
ご心配でしたらバックアップをとった上で実施して下さい。
紹介したのはメッセージフィルタ利用の一例です、その他にも色々な選別条件設定が有ると思います。
例えばアドレス帳にないものは迷惑メールフォルダへ移動させるとか・・・。
あとは、はらださんが述べられている様に迷惑メールフィルタに学習させるのもよろしいかと。
ちなみに、フィルタはメッセージフィルタ、迷惑メールフィルタの順で機能します。
折角二種類のフィルタ装備なので色々と工夫してみては?