※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Firefox のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。横から失礼します。
仰っているのは、次のサポート記事にある設定のことでしょうか?
(参考)
・ファイルのダウンロードや保存ができない | Firefox ヘルプ
>> Firefox 設定のウイルススキャン機能を無効にする
https://support.mozilla.org/ja/kb/cant- ... eaoiaeaoaoこの設定項目
browser.download.manager.scanWhenDone
は、現在の Firefox 50.0 系には存在しません。
ESR ベースでしか把握していませんが、24.0 ESR までこの項目は存在しましたが、31.0 ESR からはなくなっていたと記憶しています。
(参考)
・Firefox 31.0 リリースノート
https://www.mozilla.jp/firefox/31.0/releasenotes/Firefox 31.0 リリースノート さんが書きました:
新機能 ダウンロードされたファイル中のマルウェアがブロックされるようになりました。(詳細はこちら)
このあたりが関係しているのではないでしょうか。(その後のバージョンでも、ダウンロードに対する保護機能が追加・強化されています。)
ご質問の機能設定が削除されたからといって、セキュリティ的に後退しているわけではありませんし、Firefox でダウンロードしたファイルに対してウィルス検査ができなくなったわけでもありません。
もともと Firefox 本体にはウィルス検査機能はなく、導入済みのウィルス対策ソフトの機能を利用(連携)して、ダウンロードしたファイルのリアルタイム検査がおこなわれていました。
browser.download.manager.scanWhenDone が存在したときも初期値は true で、ダウンロードしたファイルの検査をウィルス対策ソフトに引き渡す動作が初期設定でした。(Firefox とウィルス対策ソフトの連携に何らかの問題があったとき、値を false にすることで Firefox 側から連携を切ることもできました。)
この設定が削除された現在のバージョンの Firefox でも、ウィルス対策ソフト側の設定で、ダウンロードしたファイルのウィルス検査をおこなえると思います。(ウィルス対策ソフトによって名称は違うかもしれませんが、例えば「リアルタイム保護」とかそういう機能といえばいいでしょうか。)
そして、ダウンロード完了後のファイルに対するウィルススキャンの動作を、Firefox が阻害することはないと思います。
それとも、Yuki_ さんのところでは、ウィルス対策ソフト側の設定は正常なのに、Firefox がダウンロード後のファイルのスキャンを阻害しているという症状が発生しているのでしょうか?
もしそうなら、もっと具体的な状況説明を追記していただくと、どなたかからアドバイスが寄せられるかもしれません。
(補足)
Firefox の [オプション] -> [セキュリティ] -> [一般] を見ればわかりますが、以前の Firefox にはなかった [危険な詐欺コンテンツをブロックする] -> [危険なファイルのダウンロードをブロックする] などの機能が追加され、初期値で有効になっています。
ダウンロードするファイルを無条件に許可した状態からダウンロード後にウィルス対策ソフトを呼び出して検査するのが以前の Firefox だとしたら、ダウンロード前に既知の脅威を警告・ブロックするなどの諸機能への置き換えと組み合わせて、実際にダウンロードしたファイルの検査もおこなえる(ウィルス対策ソフト側をそのように設定していれば)、というのが現在の Firefox だと思います。
とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。