次の諸条件で確認なさっていることはありますか。
Windows 7 (32bit) 環境において、
（a）Thunderbird の条件として
（a-1）Thunderbird 45.0 でのみ発生する。
（a-2）Thunderbird 38.x 系でも発生していた。
（b）日本語入力システムの条件として
（b-1）Google 日本語入力のみで発生する。
（b-2）Windows 標準の MS-IME あるいは ATOK など、他の日本語入力システムでも発生する。
これらの利用条件によっては、Thunderbird 側の問題と日本語入力システム側の問題が、組み合わさって起こっている可能性もありうると思いますので、そのあたりの切り分けができるなら、Thunderbird 側だけでなく全体的な問題解決にも役に立つのではと思います。
原理的な根拠があるわけではないのですが、Thunderbird 38.x 系と 45.0 で明白に差異があり、Windows 環境でのかな漢字変換に影響しうる事柄としては、次のような項目があります。
Windows 7 環境 において、Thunderbird 38.x 系では発生せず、45.0 から起こり出した問題であるのなら、[オプション] -> [詳細] -> [一般] -> [高度な設定] にある [設定エディタ] から、intl.tsf.enable の値を false に切り替えるとどうなりますか。
intl.tsf.enable の初期値は、Thunsderbird 45.0 では true になっていますが、38.x 系では false です。"tsf" は Text Services Framework のことです。
個別の Hack が設定されているので、既知の問題は回避できる可能性が高いと思いますが、ユーザー環境は多様なので、Thunderbird 45.0 から既定で有効化された TSF 全体を無効化してみて変化が生じるかどうかを確認してみては？ という意味で申し上げています。
（補足）
当方は Windows 7 / 8 の環境でそれぞれ既定の MS-IME を利用し、Thunderbird 38.x / 45.0 を使っていますが、これまでご質問にあるような現象に遭遇したことはありませんでした。（この先、遭遇するかもしれませんが......。）
とりあえず気になった点を書かせていただきました。的外れな話だったらすみません。
（参考）
日本語の入力や表示に関する事情については、「もずはっく日記」の記事が興味深いです。
http://www.d-toybox.com/studio/weblog/show.phpぼく自身はプログラミングの知識を持っていないので専門的なことまでは理解できませんが、Bugzilla の一般的な情報だけでなく日本語固有の事情を、日本語ユーザーの立場で知る（垣間見る？）ことができるため、一介のエンドユーザーではありますが、ときどき勉強させていただいてます（深謝）。
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