Windows 10 64bit、Thunderbird 38.7.2です。
使用しているアカウントをMboxからMaildirに移行しましたが、検索フォルダが保存されません。
Unreadは保存されるのですが、タグで検索したものが保存されないです。
セーフモードで起動しても同様です。

挙動としては最初に検索フォルダを作成すると結果が正しく表示されるものの、別のフォルダー等を閲覧し、また検索フォルダを開きなおすと何も表示されないです。
ProfileフォルダにあるVirtualFolders.datには追加されていますが、Thunderbirdを再起動するとdatファイル内の対象項目が削除されてしまいます。
Thunderbirdを再起動後、UIからは当該検索フォルダの項目そのものが表示されなくなってしまいます。ただmsfファイルは残っているため、同じ項目を作成しようとすると失敗します。
VirtualFolders.datを読み取り専用にしても同様にUI上に項目が表示されないのですが、対象のmsfを削除してから起動すると、新規に検索フォルダを作成した時と同様の状況になります（一時的に正しく表示されて、切り替えると表示されなくなる）。

日本語と英語でざっと検索したのですが、わかりませんでした。

何かわかる方いらっしゃいませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:45.0) Gecko/20100101 Firefox/45.0

本日使用していたところ、Unreadも同様の症状になりました。

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メッセージ格納形式の maildir 形式は使っていないので、そのあたりの実情はよくわからないのですが......。

ご承知のように、[検索フォルダ] は検索対象のフォルダを指定する必要があります。
生成された [検索フォルダ] のプロパティから検索条件の変更ができ、[検索対象] -> [選択] で対象フォルダを任意に選べますが、Thunderbird 上の [フォルダ] の実体は、mbox 形式と maildir 形式では異なります。
もしかしたら、そのあたりに未知のバグが潜んでいるのかもしれません。

[検索フォルダ] 自体の機能はメッセージの検索なので、データの格納形式が mbox 形式だろうが maildir 形式だろうが、基本的な働きに違いはないと思いますが、検索対象として指定したフォルダの実体が、mbox 形式と maildir 形式では違うので、maildir 形式のフォルダに対して検索対象の指定を正常に保存できないとか、[検索フォルダ] 自体を維持できないとか、そういったことがあるのかもしれないな、と......。

セーフモードは試されたようですが、「新しいプロファイル」はいかがですか。「新しいプロファイル」を追加作成し、とりあえずテスト用のアカウントをひとつ、maildir 形式で作成して [検索フォルダ] の働きを点検してみると、何か違いが見えてくるかもしれません。
「新しいプロファイル」でもこの問題が再現するなら、maildir 形式に関連した Thunderbird のバグである可能性が高いと思われます。

（補足）
maildir 形式は、Thunderbird 38.0 から搭載された新機能ですが、いろいろ深刻な問題を含んでいたようで、その後のマイナーバージョンで UI からの変更が無効化されています。
Thunderbird 38.7.2 でも、[オプション] -> [詳細] -> [一般] -> [高度な設定] からは、メッセージの格納形式の切り替えはできないままです。現状で、どうしても maildir 形式に切り替えたいなら [設定エディタ]（about:config ）から変更するしかありません。これはつまり、Thunderbird 38.x 系では、"積極的に使ってください" という位置づけの機能ではない、ということになります。
（ある意味、現状で Thunderbird の maildir 形式は、まだリスキーさを払拭しきれていないのかもしれません。）

もし可能なら、最近リリースされた Thunderbird 45.0 を試してみると、どうなりますでしょうか。
既存のプロファイルを使い回さないで、45.0 用に新規プロファイルを追加作成し、それで Thunderbird を動かしてみて [検索フォルダ] の働きがどうなるかを比較してみると、何か見えてくるかもしれません。（既存プロファイルからは、検索テスト用に最低限のメールデータだけをコピーしてみてください。）

ストレートな解決策ではなく申し訳ないですが、気になった点をコメントさせていただきました。

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Thunderbird 45.0 + 新規プロファイルでテストしてみました。
[環境：OS:Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 45.0 日本語版]

[事前準備]
オプションで新規アカウントのメッセージ格納形式を maildir 形式に指定しておく
POP アカウント設定をおこなう
サーバに残してあるメッセージを受信しておく

[１．メッセージの検索して検索フォルダを作成する]
　単純に差出人名で検索し、「検索テストサンプル」という名前で検索フォルダを作成する

[２．作成した検索フォルダ内のメッセージをスレッドペインで選択や他のフォルダに移動して戻る]
　スレッドペインは空白ではないが判別できない表示となり、メッセージペインはブランクとなる

[３．Thunderbird を再起動する]
　検索フォルダが消失した状態表示になるが、プロファイル内には存在（サブフォルダも msf も）
　します

検索フォルダの msf ファイルは、作成されて保存されている状態に変化はありませんでした。
また、他にもいくつかの異なる条件の検索をおこなって検索フォルダを作成してみたところ、どの
msf も 3KB で同じ固定サイズとなっているようです。
　注：検索対象のメッセージ数の母体数が 100 通程度なのでサイズに変化がないのかも知れません。

原因は不明ですが、かなり不安定で正常に常用できるものではないようです。
このことから、今のところバージョン 38.0 系で UI から削除された問題は、引き続き 45.0 系でも
改善されたものではないと思われます。

下記ヘルプとそこで紹介されているリンク先のバグ類やドキュメントを参照すれば、そのリスキー
な背景がうかがえます。
現状では従来からの mbox 形式を利用するのが無難でお勧めかと思います。

[参照]
Maildir in Thunderbird | Thunderbird ヘルプ

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返信できておらず、申し訳ありません。
また、検証いただきありがとうございます。

各フォルダが４GBを超えることが多かったため、maildirに切り替えたのですが、まだまだ問題があるようですね。
mboxに戻るか、クイックフィルターのタグでしのぐか検討します。

ありがとうございました。

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