fa123 さん、追加情報をありがとうございます。
通りマン さん、検証とご助言をありがとうございます。当方でも同じ内容を確認しました。
問題点は２つあると思います。
（A）ひとつは、送信される件名の問題です。こちらが本筋でしょう。
（B）もうひとつは、それを受信した Thunderbird 内部で、スレッドペインとヘッダビューで件名の表示が異なるという問題です。
（参考）・Thunderbird の各部の一般的な名称
http://meitner.jimdo.com/2015/07/03/thu ... erence-01/まず（A）について。
fa123 さんが書きました:
ヘッダのソースは
Subject: =?SHIFT-JIS?B?jqmTrpLKlfGDgYFbg4sA?=
「自動通報メール」の文字列（カギカッコ除く）を件名にして、Shift_JIS で B エンコーディングした場合、通常は 通りマン さんがご指摘くださったようになります。
【X】Subject: =?Shift_JIS?B?jqmTrpLKlfGDgYFbg4s=?=
しかし、テンプレートになっている件名そのものか、その件名を送信データに挿入する際、末尾に余計なデータが入ってしまうため、
【Y】Subject: =?
SHIFT-JIS?B?jqmTrpLKlfGDgYFbg4s
A?=
とエンコーディングされてしまうのでしょう。
（補足）
些末なことですが...。
冒頭の SHIFT-JIS は、MIME（Multipurpose Internet Mail Extensions）の推奨名としては Shift_JIS であるほうが望ましいです。大文字・小文字の違いはとくに問題ありませんが、アンダースコアとハイフンの違いがあります。
本件とは直接の関係はありませんが、こういう曖昧さがあるということは、お使いの自動送信機能が電子メールの規格にきちんと対応していない可能性を疑う理由にはなりえます。
（一般論としていえば、電子メールの取り扱いが本旨でないソフトウェアに付属している "メール送信機能" の中には、電子メールとしての規格を守っているとは言い難いものがときどき存在します。お使いのソフトウェアがそうだとは断言しませんが、十分に対応しきれていない可能性はあるかもしれません。一方、Thunderbird は電子メールの規格にけっこう厳格に対処しますので、融通がきかないといいますか、わずかの食い違いで問題が起こることがあります。）次に（B）です。
これは、Thunderbird のメール管理の仕組みに関係がありそうです。
例えば、[受信トレイ] に入っているメッセージ群は添付ファイルのデータを含めて、プロファイル内にある Inbox という拡張子のないファイルに一括して保存されています。この Inbox ファイルがメールデータの実体であり、最重要ファイルです。
これとは別に、Inbox.msf というファイルがあります。これは [受信トレイ] の内容をスレッドペインに表示するためのメッセージリストとその表示条件を保持した一種のサマリーデータです。メールの受信や移動・削除にともなって変化する Inbox ファイルの状態は、随時 Inbox.msf ファイルに反映されます。
そして、スレッドペインに表示されるメッセージ一覧は、Inbox.msf ファイルから読み込まれています。
一方、スレッドペインで選択されたメッセージは下段のメッセージペインに表示されますが、その上部にあるヘッダビューの件名は、Inbox ファイルから直接読み込まれます。
ヘッダビューの件名の末尾に NUL が表示されないのは、NUL が含まれていたとしても空文字として表示しないからだと考えられます。
（Windows Live Mail の表示と同等といいましょうか。他のいくつかのメールソフトで【Y】の Subject を読み込ませても、末尾のデータは表示上無視されています。NUL の本来的な意味としてはそれが正常な表示だと思うのですが...。）
これらの流れから、スレッドペインで NUL がコード表示されることについては、msf ファイルの内容とその取り扱いに疑問が残ります。
この点は、Thunderbird 38.x 系の問題である可能性が疑われますが、詳細はわかりかねます。
しかしながら根本的には、「fa-panelというグラフィックソフトのサーバーソフト」が、「自動通報メール」という件名を【X】のように正しくエンコーディングして送ってくれば、Thunderbird 38.x 系でもご質問のようなことが起こらないのは確かです。
fa123 さんが書きました:
状況は、fa-panelというグラフィックソフトのサーバーソフトがあるのですが、イベントが発生したらサーバーソフトからメールを自動送信します。
サーバーソフトの設定としては件名、内容などの情報はメールマスターのテキストを参照し、メール設定はサーバーソフトでおこなっています。設定内容はキャプチャしておきました。
「メールマスターのテキスト」の書き方に問題があるのかもしれませんし、「メールマスターのテキスト」の参照・引用の仕方に原因があるのかもしれませんが、その「fa-panelというグラフィックソフトのサーバーソフト」の詳細を知りえない身なので、fa-panel 側での解決方法をアドバイスすることはできません。
しいていえば、ユーザー側で試せるのは次のようなことでしょうか。
ご提示いただいた Property 画面の最下段にある [文字エンコード方式] は、切り替えができるようです。これを UTF-8 とか、ISO-2022-JP とかにしてみて、何か変化はあるでしょうか。「メールマスターのテキスト」の文字コードなどにも注意しつつ、いくつか条件を変えてテストしてみてはいかがでしょう。丸くおさまる設定が見つかるかもしれません。（どうしても Shift_JIS でなければならない理由があるなら仕方ないですが、いまどきの日本語メールでは UTF-8 か ISO-2022-JP を使うほうがいいと思います。）
件名のエンコーディングに関しては、通りマン さんが仰っているように fa-panel のバグである可能性が高いので、一度そのソフトのサポート窓口に問い合わせてみることをお勧めしておきます。
追記いただいた情報をふまえ、気がついたのは以上です。的外れな話だったらすみません。
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