こんにちは。
過去にも同様のトピックがありました。
以下を参照してみてください。
"受信トレイの中身が突然消えました!!"
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=1813
"特定期間のメールだけが受信トレイの中からメールがなくなった"
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=1368
補足:
受信トレイはメッセージを保管する場所ではないと思います。
受信トレイとその配下のフォルダにメッセージをたくさん溜め込むと受信毎に
そのフォルダ内の要約ファイル(Inbox.msf,xxxx.msf)を書き換えします。
起動時や短い間隔でメッセージを次から次に受信すると要約ファイルの読み
込みと書き換えが頻繁に同時に繰り返されて整合が取れなくなる不具合が
起こりやすくなるようです。
保管するメッセージはアカウント別に保管用のフォルダを作り、そこへ移動さ
せておきましょう。
メッセージフィルタで受信時に振り分けするように設定するのも方法です。
そして定期的又は自動的に「フォルダの最適化」を行なってください。
また不慮の事態に備えて大切なメッセージはバックアップを取る事をお勧め
します。