特定のメールアドレスに自動返信を行なう時、送られてきた本文(可能であれば添付ファイルのファイル名等も）の引用を行なった上で自動返信を行ないたいのですが、方法はあるのでしょうか？
自動返信はテンプレートを作成し、メッセージフィルタから「テンプレートを使用して返信する」方法で行なっています。

OS:Windows7 Professional SP1
Thunderbird Ver:31.1.2

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メッセージフィルタの自動返信は、内部的に、必要なTo:やサブジェクトや本文のデータを渡してテキストメールモードのコンポーザーのウィンドウを開いて行っているので、
(a) メッセージフィルターで何らかの指定ができるものや、
(b) 手動での転送で自動的に行ってくれることや、
(c) 手動でテンプレートを編集してメールを作成する時に自動的に行ってくれること、
などを超えることは、できるはずがありません。
(a)や(b)や (c) の機能を拡張するアドオンを入れると、多少はできるようになることもあるでしょうけど。

手動でのメール作成や返信などにおいて、(b)/(c) の類のアドオンを使っていますか？
添付ファイルのファイル名等の引用を行なえるようなアドオンを使っているが、メッセージフィルタの自動返信では効かない、あるいは、メッセージフィルタの自動返信ではそれを使う方法がない、というような話ですか？

FiltaQuillaというアドオンは、Gloda(全文検索)を開発したりフィルターのバグを直したりしてくれているデベロッパーが作ってくれたアドオンですが、
フィルターのアクションに「アーカイブする」というようなものを追加、はあっても、
メッセージフィルタの自動返信の時の文面をあれこれ弄れるようにする、といった類のものはなさそうです。
～Quillaというアドオンがいろいろある「FiltaQuillaの作者さんのサイト」
そういったものはコンポーザー用のアドオンの仕事であって、Kent Jamesは、そんなものには興味がないはず(^^)

なお、自動返信などできめ細かくあれこれ行う、といったことは、一般的に言って、個人が使用することを目的としたメーラーで行う類のものではありません。
サーバーで、PHPとかを使ってメールアプリケーションを書いて行う、というのが普通のはずです。
メールデータなんて、ただのテキストデータですし、PHPでメールデータを読み込んで、好きなように返信メールのデータを作り、PHPのコードからSMTPSend()とかを呼んで送るだけですから、原理的には、初歩的なコードで何でもできます(^^)
おそらく、業務での使用でしょうし、そういったことを行いたいのならば、自前のメールアプリケーションを作るなり、有償のソフトウェアを有償のきちんとしたサポート付きで使用する、という方が普通でしょう。

Thunderbirdで受信したメールならば、完全自動返信でなくセミ自動返信になりますが、
手動なりフィルターなどで.emlファイルとかメールフォルダーに保存し、
Thunderbirdの外部のPHPなどのコードで、.emlファイルやメールフォルダー用のファイルを読み込んで返信メールのデータを作りSMTPSend()、
ってな感じでバッチ的に行うことは、原理的には非常に単純・簡単なこと。

FiltaQuillaについて、捕捉です。

FiltaQuillaには「Run File」というアクションがあって、これを使うと、PHPとかObject RexxとかWindows Scripting Hostとかバッチを起動し、その中で、メールデータを処理して自動返信メールのデータを作ってSMTPSend()、というようなことを、完全自動で行える可能性はあります。
FiltaQuillaで自分のプログラムコードを走らせられることは知ってはいたのですが、それによってThunderbirdに何をさせられるかは知りませんでした。
で、Thunderbirdの自動返信機能の補完のためには使えない、と思っていました。
でも、メールデータを渡して、Thunderbirdとは一切関係なく、メールデータを元に自分のプログラムコードで好きなことをするんなら、話は簡単じゃん、と、ハタと気づいたので、紹介しておきます。

追記です。

Thunderbirdのメッセージフィルターの、
「転送(フォワード)」は、手動での転送と同等で、フィルターのアクションに宛先を指定しておけるだけ、
「テンプレートを使用して返信する」は、手動でのテンプレートの編集と同等で、宛先をメールの送信者にしてくれる、であって、
「返信」とは書いてあるものの、手動での返信を使用しているわけではなくて、宛先をメールの送信者にしてくれるから「返信」と呼んでいるだけ、
というはずで、
それ以上のことは、サブジェクトがメッセージフィルターで送ったものだとわかるようにする、といった程度のことしかしないはずです。

なお、「転送(フォワード)」においては、
メールの転送の設定が「インラインで転送」の時は、内部的にメール編集画面を開いて行う、
メールの転送の設定が「添付で転送」の時は、mailto:のリンクと似たようなデータを渡し、転送メールのメールフォルダーとmessageKeyを渡して、SMTP送信を実行する、
というような違いがでてきます。