1.添付ファイルが、メッセージペインの本文内に表示されるのは、そのような表示形式を選択して
  いる場合です。
  メニューバーの [表示] > [添付をメッセージ本文に表示] で、それが選択・設定できます。 
  まず、メッセージの表示方式が、どうなっているのかを確認して、それを提示してください。
  [参照]  
表示 / メニューリファレンス TB | Thunderbird ヘルプ  画面構成と基本操作 | 使い方ガイド | Thunderbird サポート2.通常、添付ファイルが上記の設定で、メッセージ本文内に表示されるものは限定されています。
  それは、主に、画像ファイルとテキストファイルです。
  PDF や PPT、PPTX ファイルが、メッセージ本文内に文字化けのように表示されるのは、正しい
  MIME TYPE で添付されていない場合に起こります。
  添付ファイルのヘッダ情報の Content-Type(MIME TYPE) は、どうなっていますか?
   #添付ファイルのヘッダ情報は、各添付ファイル毎に、先頭箇所に、必ず付加しなければ
    ならないものです。
   #添付ファイルのヘッダ情報とは、そのファイルの種類・エンコード方式・添付方式・フ
    ァイル名を表わしたものです。
[PDF ファイルの正しいヘッダ例]
コード:
Content-Type: application/pdf;
name="xxxxxxxx.pdf"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment;
filename="xxxxxxxx.pdf"
[PPT ファイルの正しいヘッダ例]
コード:
Content-Type: application/vnd.ms-powerpoint;
name="yyyyyyyy.ppt"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment;
filename="yyyyyyyy.ppt"
[PPTX ファイルの正しいヘッダ例]
コード:
Content-Type: application/vnd.openxmlformats-officedocument.presentationml.presentation;
name="zzzzzzzz.pptx"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment;
filename="zzzzzzzz.pptx"
  [参照:MIME TYPE について]  
Media Types  Properly Configuring Server MIME Types - Web security | MDN3.提示されたソースは、メッセージヘッダの一部で、添付ファイルのヘッダ情報がありません。
  よって、推測の域を出ませんが、添付ファイルが正しく添付されていない可能性が考えられます。
  当方でテストサンプルのメッセージを作成してみました。
  PDF ファイルを添付したプレーンテキスト形式のメッセージです。
  それを圧縮して、ここに添付しましたので、ダウンロードして、解凍し、Thunderbird の任意の
  フォルダに入れて(ドラッグ&ドロップ)、ソース表示で、参考にしてみてください。  
添付ファイル:
			
				 PDF 添付テストメール.zip [111.76 KiB]
			
			ダウンロード数: 1007 回
 
				PDF 添付テストメール.zip [111.76 KiB]
			
			ダウンロード数: 1007 回
		
		
	 4.該当メッセージを Thunderbird のソース表示で、どうなっているか確認してみましょう。
  もし、正しいものになっていない場合は、修正しましょう。
  修正方法は、いくつかありますが、Thunderbird の [オプション] > [添付ファイル] > [受信] >
  [動作設定] 欄で、PDF や PTT ファイルを選び、単純に「動作設定を削除する」を実行するのが
  簡単でいいでしょう。  
添付ファイル:
			 オプション-添付ファイル002.png [ 91.4 KiB | 表示数: 36556 回 ]
			オプション-添付ファイル002.png [ 91.4 KiB | 表示数: 36556 回 ]
		
		
	   但し、削除後に、正しい MIME TYPE を記憶・登録させる必要があります。
  該当添付ファイルのメッセージ、なければ該当添付ファイル付きのテストメッセージを作成して、
  そのメッセージの添付ファイルを開く操作で、正しいアプリケーションを選択して、開いてみま
  しょう。
  ここで、間違った操作で、異なるアプリケーションで開くと、正しくない MIME TYPE になりま
  すので注意してください。
【felsendorf にお願い】・できれば、問題のメッセージのソースを、ここに添付してください。(圧縮して zip 形式で)
 そうすれば、他人による検証が、一番手っ取り早く、わかりやすいです。
 問題点の確認も、そのほうが具体的になります。
  #もちろん、ソース添付は、事前に個人情報やプライバシーに関する箇所は、
   マスク処理した上でお願いします。
・コピーや貼り付けの操作を、何かしらのエディタかツール経由でされていると推察します。
 メッセージヘッダは、本来、改行があります。
 そのままの状態で、提示していただくようお願いします。