質問にお答えする前に、いくつかコメントを加えます。
kagami さんが書きました:
KIKI様に教えて頂いた、１の方法で破損したファイルを削除しようと試みましたが、同じエラーメッセージ（エラー：0x80070570:ファイルまたはディレクトリが壊れているため、読み取ることが出来ません。）が出て、削除すること自体が出来ませんでした。
「削除」とは書いていなかったのですが、了解です。
とりあえず、今回の問題では、削除の必要はないでしょう。
後日、削除が必要であれば、ご自分で調べるなどして、対処してください。
また、先にも書きましたが、今後、不正な状態が再発しないように、きちんと対処しておきましょう。
kagami さんが書きました:
ちなみに、実は、私はサンダーバードを外付けHDD上で起動し、サンダーバードが参照しているプロファイルフォルダは、外付けHDD（Fドライブ）にあります。
（今回気付いたのですが、プロファイルのファイルは、本体Cドライブ上にあるようです。）
よくわかりませんが、今回の問題は、どこで起きているのですか？
プロファイルが、別の場所に、それぞれあるのですか？
kagami さんが書きました:
その状態で、新しいプロファイルを作成し、現在は新しいメールだけが受信出来る状態で、過去のものの復旧は出来ていません。
作成した新しいプロファイルは、どこに作成されたのですか？
kagami さんが書きました:
メール受信はPOP３で、それぞれのメールフォルダが出来ていますが、同じアカウントのものらしきフォルダが複数出来ているものがあります。同じファイル名で、その最後に、１、２などの番号が振られています。今回新しく作成したアカウントの受信フォルダは、この２のようです。
同じアカウントを、追加でアカウント作成した場合ですか？
アカウント設定で作成したアカウントがひとつなのに、複数の同じアカウントフォルダがあるとし
たら、明らかに異常です。
また、ひとつのアカウントフォルダ内に、同名で枝番号（連番）が付くのは、これも、おそらく不
正な状態です。
次に、ご質問についてです。
質問１）について pal さんと同じく、削除しないといけないわけではありません。
ご自身で、必要ないと判断できたら、その時に削除してください。
プロファイルフォルダ名は、同じ場所に、同名では存在できません。（OS の仕様です）
エクスプローラーで見える（表示される）「プロファイルフォルダ名」と、 Thunderbird のプロフ
ァイルマネージャで表示される「プロファイル名」は、異なります。
ご自分で、ちゃんと区別できる、わかりやすい名前にしておくのがいいでしょう。
[参照]
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ質問２）についてpal さんと、少し違います。
私が先に紹介した対処方法の１．は、破損したファイルの「削除」ではなく、「移動」です。
移動もエラーで、できなかったのですか？
また、正常起動もできなかったのですか？
バックアップのデータが、正常であると判断できるのならば、破損したファイルを除いて、コピーで
戻してもいいでしょう。
おそらく、正常起動できなかったプロファイルのバックアップならば、結果は同じかと推察しますが
・・・・・。
もし私ならば、安全策として、現在起動できているプロファイルとは別に、「追加」作成した新規プ
ロファイルの中に戻して、正常に起動するかテストします。
これなら、現在参照しているプロファイルフォルダ（xxxx.default）を、失うこともないでしょう。
削除（上書きで失う）は、結果が出てからでも遅くはありません。
質問３）について追加作成した、新規プロファイルの場合ですか？
「統合」とは、上書きコピーですか？ 移動ですか？
脅かすわけではありませんが、やってみてダメだったら、どうしますか？
アカウント別フォルダ内の、枝番号（連番）の多いファイルが、おそらく新しいものです。
がしかし、アカウント別フォルダ内に、枝番号（連番）のファイルができること自体が、おかしい状
態です。
念のため、統合先のファイルをバックアップした上で、試してみるのをお勧めします。
そうすれば、正常に復元できているかどうか、安心して確認できると思います。
質問４）についてpal さんが云われているように、バージョンがかなり離れていて、仕様もかなり変更されていますの
で、判断が難しいかも知れません。
私ならば、遅かれ早かれ、最新バージョンにすべきと考えますので、躊躇せずにアップデートします。
理由は、古いバージョンの Thunderbird で使用したプロファイルは、新しいバージョンで問題を起
こしたり、不整合を引き継ぐ恐れがあるためです。（アドオンの利用も一因です）
それを恐れて、古いバージョンに留まっていては、いつまでも根本的に解決しないからです。
問題のあった、古いプロファイルのメッセージを、移行・復元できないのは、バージョンの違いでは
なく、そういう不安定な状態で使用続けていた、あるいは不安定な状態にした自分にあると考えるか
らです。
ということで、これを機会にして、一旦通常のアンインストールをおこない、インストールフォルダ
が残っていたら、綺麗に削除して、PC 再起動後に、新規に最新版をインストールされるのをお勧め
します。
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