※質問するときは、フォーラムの利用に関するご案内 、とりわけ 質問するときは に目を通し、OS の種類や Firefox / Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。最初に、ご質問の趣旨である「自動返信時の件名から (was: をとる方法」ですが、Thunderbird のオプション設定やアカウント設定、[設定エディタ]（about:config）などには、これをコントロールする項目は見当たりません。おそらく、ハードコーディングされているなどエンドユーザーが簡単には扱えない部分でコントロールされているのではないかと思われます。（専門家ではないので細部まではわかりませんけど...。）
現状では、これが Thunderbird の仕様ではないでしょうか。
次に、was: + 元メッセージの件名が挿入される理由です。
メッセージフィルタの [テンプレートを使用して返信する] を駆使なさる方であれば十分ご承知のことだとは存知ますが、とくに明言されていなかったので、念のためにコメントさせていただきます。
通常の [返信]（件名に Re: がつく）は、メールヘッダに In-Reply-To や References が付加され、返信元メッセージの Message-ID の値が記録されます。
これによって、やり取りしているメッセージの関連性が明確にわかるようになっており、スレッド表示の際などに役立てられます。
一方、メッセージフィルタの [テンプレートを使用して返信する] は、「返信」という名称はついていますが通常の [返信] とは異なり、In-Reply-To や References は付加されません。実質的にはテンプレートの内容を新規メッセージとして送信しているのと同等です。
この場合、受信側（元メッセージの差出人）では、電子メール的な意味では返信メッセージとは認識されません。
そのあたりを補足的に説明する意味で、(was: 元メッセージの件名) が、テンプレートで定義した件名に付加され、相手に対し "どのメールに対する自動返信か" を知らせるようになっているみたいですね。
例えば、A さんが送信したメッセージを受信して、A さん宛にテンプレートで設定された件名と定型文を自動返信した場合、A さんは誰から送られてきたメッセージかはわかりますが、それがどういう性格のメッセージかすぐにはわからないかもしれません。(was: ～ があることで、自分が送ったメッセージが相手に届き、それに対して自動返信が送られてきたことが予測できます。
相手からすれば、件名に見覚えがない新規メッセージが送られてきたと感じるよりは、自分が送ったメッセージへの自動返信として送られてきたものだと認識できる分、コミュニケーションに齟齬が生じにくいといいますか......。ひとくちでいえば、相手に対する配慮（マナー）が自動化されているわけですね。
（wsa: 以下を件名につけるのではなく、In-Reply-To をつけて [返信] する仕様にしてほしい、といった要望があるかもしれませんけど...。）
しかし、ユーザーの利用目的は多様ですから、こうした付加情報を挿入したくないケースはあるかもしれません。(was: 以下は必須というわけではありませんし...。
例えば、「申し込み」の類のように Web フォームなどから定型の件名で送られてくるメッセージに対する自動返信であれば、その件名をいちいち (was: ～ で付加する意味はないでしょうから、この部分を挿入しないで自動返信したいという要求は理解できます。
（補足）
ご承知とは思いますが、ご利用のメールサービスによっては、サーバ側で自動返信を設定できるものがあるようです。
ご希望の解決策を示せなくて申し訳ありませんが、とりあえず以上です。
別の解決策・回避策とか、ぼくのコメントの間違った部分への訂正とか、他のユーザーさんからのリプライも待ってみてください。
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