OS:Ubuntu12.10（64Bit)、Thunderbird(17.0）に於いて
受信トレイ下に11、22、33、44、55、66、77、88、99のサブフォルダを作りましたが、作成はされていると思いますが表示されません。環境は「「表示」→「フォルダ」→全てのフォルダ（チェック付き）にしています。
メール移動を実行してみた時には各フォルダ（11、22、33、44、55、66、77、88、99）は表示されています。
受信メールの購読時、フィルタの作成時等にきっちり表示出来るようにしたいのです。

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Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:17.0) Gecko/20100101 Firefox/17.0

　　
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。　

当方では、再現しません。
[環境：Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 17.0 日本語版]　
　
[基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法]
以下の順番でおこない、その都度改善されたか、確認してみましょう。

１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの「追加」作成と、その適用
３．Thunderbird の再インストール

[参照]
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:20.0) Gecko/20121209 Firefox/20.0

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Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:17.0) Gecko/20100101 Firefox/17.0

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.2; WOW64; rv:17.0) Gecko/20100101 Firefox/17.0

　
サブフォルダについては、以下のバグなどが報告されています。
ひょっとして、これと同じことですか？

676650 – Create a new sub-folder should automatically show it after creation
645838 – created sub sub-folder when grandparent is collapsed doesn't show new folder in folder pane


また、通常はサブフォルダを作成した際は、折りたたみ状態になりますので、そのままでは
表示されません。
サブフォルダを明示的に展開することで、サブフォルダが表示されます。
　＃標準テーマでは、親フォルダの△マークアイコンをクリックすることで展開されます。

サブフォルダを作成したら、フォルダペイン内で、それらが自動的に表示されている状態に
なってほしいということでしょうか？

もし、そうではないならば、繰り返しますが以下の状態で、どのように表示されるか試して
確認してみてください。

[基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法]
１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの「追加」作成と、その適用
３．Thunderbird の再インストール

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:20.0) Gecko/20121210 Firefox/20.0

サブフォルダのバグについては「676650」です。

Thunderbird（17.0）を再インストールして確認しましたら、

になっていました。
Ubuntu12.10（64Bit)は日々変化していますので、たまたま不具合に遭遇したと思っています。今回再インストールしたThunderbird（17.0）も少し変化しています、メニューバーがThunderbird領域内に表示されず、件名、差出人、欄の右端にアイコンが追加され「ツールバーのカスタマイズ」アイコンが削除されています。
動作、使用上に特に不便を感じないのでこうなったのかと自問自答しながら使用しています。

本件はこれで解決とします。

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Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:17.0) Gecko/20100101 Firefox/17.0

　
Bug 676650 に該当するということですね。
現状では、ほとんど仕様のようなものです。
最近のバージョンで、突如変更された仕様でもありません。

サブフォルダを作成したら、それが初期段階で折りたたまないで、展開されて表示される
べきものだと、最初から決めつけないことです。
つまり、プロダクトやアプリケーションによって、その仕様は様々だということです。
これは、OS （プラットホーム）によっても異なる場合もあります。


先に [基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法] を紹介したのは、その不具合か
どうかを切り分けるためです。
また、バグ検索も有用です。
それらの確認をおこなって、不具合かどうかの判別に役立ててください。


「メニューバーがThunderbird領域内に表示されず」は、Ubuntu の仕様に沿ったものでは
ありませんか。
Ubuntu の仕様に沿った他のアプリケーションも、同様ではありませんか。

Ubuntu ディストリビューションに搭載されている Thunderbird は Mozilla がリリースし
ている公式版ではありません。
基本的な仕様・構造は同じですが、ユーザインターフェイスなどは、独自の仕様が採用され
ています。
その目的は、主に Ubuntu の仕様に、最適化するためです。

ですので、Ubuntu 仕様に関連する問題や、そのサポートに関しては配布元 (Ubuntu ディ
ストリビューター) へお問い合わせください。
Ubuntu 日本語フォーラムを利用されるのもいいでしょう。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:20.0) Gecko/20121211 Firefox/20.0