bookmarkbackupsに全くバックアップファイル（*.json）が無い状態で
起動すると、ブックマークが初期化されてしまいます。
2.10.1までは、こういう問題はありませんでした。

取りあえずは「バックアップを少なくとも1つ残すよう注意する」しか
ありませんが…困ったものです。

おっしゃるとおりの現象が、当方でも起こっています。
この現象について確認できた範囲でいうと 2.11 のベータ版の終盤あたりで気がついて、2.12b2 でも変わらずです。

2.10 から 2.11 で places まわりに何らかの追加・変更等があるのだとは思いますが、同じ Gecko バージョンの Firefox でこの問題は起こっていませんから、SeaMonkey 固有の現象のようです。
ただ、通常は browser.bookmarks.max_backups のデフォルト値は 10 で、ここをユーザーが意識的に 0 にでもしない限り発現しない症状なので、これに気がつくユーザーはそう多くないと思われます。

ぼく自身は、プロファイルごと別ドライブにバックアップをとるようにしているので、プロファイル内の bookmarkbackups フォルダに bookmarks-yyyy-mm-dd.json のバックアップをいくつも溜め込む必要性を感じず、Firefox も SeaMonkey も普通は browser.bookmarks.max_backups を 0 にして運用しています。（必要性を感じれば、能動的に JSON 形式でバックアップをとります。）
けれどもこの方法ですと、2.11 以降の SeaMonkey では必ずブックマークが初期化されます。
対策としては、browser.bookmarks.max_backups の値を 1 かそれより大きくする以外の解決策を、ぼくも見出せないでいます。

ブックマークと履歴の本体である places.sqlite の内容が、バックアップファイル（*.json）の有無だけで強制的に初期化されるのは釈然としませんね。

解決方法とかいった建設的な内容でなく申し訳ありませんが、いちおう追加報告ってことで...。

SeaMonkey2.11/2.14a1共に再現しますね。
2.11以前に関しては不明ですが、起動時にサイドバーが「読み込み」で暫くハングアップに近い状態に成ります。

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