6/13 Thunderbird 13に更新しました。6/14朝 ThunderBirdを立ち上げるとInboxだけ空になっていました。Loacal Folders内にあるInboxのファイルサイズも3kbyteになっており　操作ミス　ないし　更新時のトラブル？　と判断しています。
おそらく上書きされているため、データ復旧ツールでの回復は難しいと考えます。

　いろいろ調べたところ、global-messages-db.sqliteにメール本文が入っている可能性ありと知りSQLite Managerで中を見ました。messagesText_content にID+メール本文+送信者名+受信者名+題名があることまでは分かりました。
これにHeaderがあれば1通のメールとして仕立て上げることが出来、Inboxに記入することで復旧できないかと考えています。

そこで質問なのですが
１、global-messages-db.sqlite内にメールヘッダは保存されているのでしょうか
２、メールを送受信した日時が分かるデータはglobal-messages-db.sqlite内に保存されているのでしょうか(送信日時+受信者名+題名+本文が分かれば、スクリプトを使ってDBから自分宛のメールを自動作成しメール送信することで代用できると考えています)


使用しているThunderbird：
　　　　Thunderbird 13

使用している拡張機能・テーマ：
　　　　SQLite Manager 0.7.7
　　　　Test Pilot for Thunderbird 1.3.9
　　　　Thunderbird Conversations 2.3.2
　　　　Eset Plugin 1.0 [無効]

使用しているOS,環境：
　　　　Windows XP SP3
　　　　メモリ2GB, HDD空き6GB

使用しているセキュリティツール（ウィルスチェッカ、ファイアウォールなど）：
　　　　ESET NOD32 Antivirus 4.0.474.9
　　　　Windowsファイアウォール

ネットワーク環境：
　　　　社内LAN

SQLite Manager 0.7.7 で中身が見れるんですか？
一般的なメールヘッダから最後まで、全てを含んだテキストを1通のメールとして扱っているはずで、unixメールボックス形式だと思います。

Thunderbirdの場合は「From - 日付」でメールの一区切りとして、次の行に以下のような管理用の「X-ヘッダ」を埋め込んでいます。
X-Account-Key: account2
X-UIDL: q5DEEc3rl72NR0000
X-Mozilla-Status: 0001
X-Mozilla-Status2: 00000000
X-Mozilla-Keys:
最悪、これらのヘッダを失ったとしても復旧可能なのではないかと思います。（DBからではないですが私も頻繁にやります）
ご存じかもしれませんが、これ以降は受信したまま（デコードしてない状態）のメールが続き、次に現れる「From - 日付」の手前までが1通のメールです。

1通の中では、ヘッダと本文の切れ目において、大抵は
Subject:ヘッダ、References:ヘッダ、In-Reply-To:ヘッダ　だと思うのでこれらの存在を確認してみてください。まずは、これを探してヘッダの存在を確認してみましょう。

SQLite のDBはもう隔離済みですよね？
ヘッダが有れば、あとは最悪の場合で「From - 日付」から次の「From - 日付」までを1通としたテキストか、拡張子を「eml」に変えて読み込ませれば戻せると思います。
＃ さすがにSQLite のDBからの復旧の経験は無いですが、テキストからはよくやります。

Thunderbirdでは経験無しですが、もしかしたら全部繋がったテキストの拡張子を変えてThunderbirdを起動するだけでメールボックスが完成するかもしれません。
import/exportのアドオンのツールも有ります。

とりあえずヘッダの存在を確認してみてください。

＃ 個人的にはESETのせいだと思います (^^;)

う～～ん、sqliteのDBを見てみましたが、とてもメールが入っているという感じはしませんけど。
そもそも私のプロファイルのglobal-messages-db.sqliteは3月8日の更新日なので通常使われるメールボックスとは違うと思います。
テンポラリのインボックスか、アカウント管理のようなデータが並んでいるように見えます。
もし、テンポラリのメールボックスだとしてヘッダが有れば復旧は出来るかもしれませんが、期待薄そうな気配です。

kiyo4_k さん　返答ありがとうございます。

global-messages-db.sqlite　は検索高速化のためにあると理解しています。
やはり検索で調べることがほぼ無いヘッダはDB内には無いようですね。
(Base64等でエンコードされていて一見分からない状態で入っているかと期待していましたが)
残念ですが、今回復旧はあきらめます。