正常に送信されたのメッセージはでますが、送信フォルダにエラーがあるため保存できないと返ってきます。
ファイラーでみるとフォルダファイルは存在していて？です。
一旦アンインストールしてレジストリもクリーンアップした後再インストしましたが同様の結果となりました。

ＯＳ　Ｖｅｒ：Ｗｉｎｘｐ　ＳＰ３
サンダーバードＶｅｒ：３．１
メモリ　２Ｇ
ＨＤＤ　全容量　４０Ｇ　５００Ｇ　残り容量　約半分ほど

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読んでその内容を理解した上で、
　それに沿って投稿しましょう。
＊質問・投稿する前に、製品のヘルプやサポートサイトで検索・閲覧・確認してみま
　しょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。
　
　
以下の過去トピックを参照して対処してみましょう。
送信済みトレイにメッセージが残りません
　

【補足】

Thunderbird の各種ユーザデータや設定情報は、インストールフィルダとは別の場所に
プロファイルとして保管されています。
そのため、Thunderbird で起きている問題の解決のためにアンインストールと再インス
トールを繰り返すのは、ほとんど無意味です。

また、Thunderbird 3.1 系はまもなくサポートが終了します。
すみやかに現在の最新バージョンである 11.0.1 にアップデートするのをお勧めします。
[参照]
Firefox 3.6 と Thunderbird 3.1 のサポートはまもなく終了します | Mozilla Japan ブログ