Thunderbird V9.0.1 にて受信ボックスの一部のデータが消失し、索引ファイルの再作成などを行いましたが復旧できませんでした。
その他の手立てがあれば、教えてください。

データ消失した際の操作内容
（１）不要なデータを削除
（２）「今すぐ最適化しますか？」といったポップアップが表示される
（３）キャンセルしたかったが、誤って実行してしまった。
（４）バツボタンでThunderbirdを強制終了
（５）次回起動時から、2007年から2012年の約５年間のデータが消失した

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読んでその内容を理解した上で
　それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。
　
　
最適化を実行後に「受信トレイ」のメッセージが失われるのは、
・インデックスが壊れた
・本当にメッセージが削除された
・メッセージがあるが、サイズが容量制限を超えていたためにアクセスできなくなった
・メッセージファイルのサイズが容量制限を超えていたため、最適化の実行で壊れた
などが考えられます。

「受信トレイ」のファイル名は、Inbox です。
まずプロファイル内にある Inbox ファイルのサイズを確認してみてください。
[参照]
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

Inbox ファイルをサイズに関係なく、一旦別の場所にバックアップコピーしてから Inbox.msf を
削除してみてください。　注：Thunderbird を終了した状態でおこなってください。
その後、Thunderbird を起動して確認してみてください。
これで改善されていなかったら、おそらく Inbox ファイルが破損してメッセージの一部が失われ
ていると思われます。


念のため、以下のトラブルシューティングで改善されるか確認してみてください。
[参照]
Mozilla Thunderbird 10.0.1 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

[セーフモード起動の補足]
Thunderbird 5.0 以降では、セーフモードの実行方法が変更・追加されています。
（A）起動中の Thunderbird からセーフモードで再起動する場合
　　　メニューの [ヘルプ] -> [アドオンを無効にして再起動] を実行してください。
（B）終了している Thunderbird をセーフモードで起動する場合
　　　[Shift] キーを押したまま、通常の手順でスタートメニューやデスクトップの
　　　アイコンから起動してください。
（C）従来どおりの -safe-mode の起動オプションも有効です。

いずれの場合も、[Thunderbird セーフモード] というダイアログが表示されます。
どの項目もチェックをつけないで [セーフモードを続ける] ボタンを押してください。