POPとIMAPの内容については、(Wikipediaの記事で恐縮ですが)
↓の記事も参照してみてください。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Internet_M ... s_Protocol
http://ja.wikipedia.org/wiki/Post_Office_Protocol
端的に書くと、POPはメールサーバに来たメールを自分のメーラーに
ダウンロードして保存します。
メールサーバ上のメールは、消さずに置いておくことも可能ですが、
大抵は受信後すぐ、または一定期間(10日後、30日後など)保持したあと
削除するのが普通です。
一方で、IMAPはメールサーバ上にメールを保持したまま管理します。
こうすることで、PCや携帯端末など複数の環境から扱いやすくなると
されています。
IMAPではメールデータの主体が常時サーバ上にあるため、
ダウンロードの必要がありません。
なので、Thunderbirdの設定項目のなかにもダウンロードに関する
項目がないと考えられます。
POPとIMAPでは、上記の通りメールの扱いが異なるので、
同一メールアドレスでも別アカウント扱いだったと思います。
IMAPによる運用で問題なければそのままでいいかと思いますが、
POPで受信する場合は新しくアカウントを作成する必要があります。