該当アカウント設定内の「ポート番号」と「セキュリティ設定」が勝手に変更される機能は
ありません。
以前、Thunderbird 2.0 から 3.0 系 or 3.1 系にバージョンアップされる際にアカウント設
定の一部の仕様変更がうまく引き継がれないというバグがありました。
原因は不明ですが、それらの不具合の痕跡が残っていて今回 Thunderbird の起動時にプロ
ファイルを読み込む際に顕在化したのかも知れません。
#プロファイル内に旧バージョンやアドオンの残骸などが残っていたために悪さをした
など様々な要因の可能性があります。
企業内の導入ではどのようなシステムに組まれているのかがどうしてもブラックボックスと
なっているので他人には把握できないものですが、ご利用の PC 単体の問題のようにも思え
ます。
OS の状態も含めてアクセス権限なども念のため確認しておいたほうがいいかも知れません。
[参照]
Thunderbird ナレッジベース - アカウント設定やオプションが保存されない
また Thunderbird についてはこの機会にプロファイルを新規に追加作成してそちらに移行
するのをお勧めします。
クリーンインストールも視野に入れてみてください。
#様々なゴミファイルや残っている旧設定情報のお掃除が効果的な場合もあります。
#どのような社内システムでのご利用なのかは不明ですので制限事項などもあるかも
知れません。必ず社内システム担当者に問い合わせ・相談をおこなってください。
[参考]
Mozilla Thunderbird 7.0.1 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ