バージョン５．０にバージョンアップしましたら、「送信(受信)トレーに対する現在の操作を完全に終了できませんでした。」というエラーメッセージが立ちあげ時に毎回出ます。
原因をおわかりの方がおりましたら、ご教示ください。よろしく願い申し上げます｡

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読むのをお勧めします。
＊ご自分の利用環境として OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。

そのエラーメッセージは何が出しているのでしょうか？

原因は不明ですが、以下のトラブルシューティングで改善されるか確認してみてください。
・Thunderbird のセーフモード起動
・新規プロファイルの追加とその適用
・再インストール
などです。

[参照]
Mozilla Thunderbird 5.0 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
　

ご回答およびアドバイスありがとうございました。
エラーメッセージは、メールサーバーから出ています。
解決方法を参考にやってみましたが、特に改善はされま
せんでした。
エラーメッセージが出るのみで、メール送受信機能につい
ては、影響しておりませんので、しばらくこのまま様子を見
てみます。
今後ともよろしく願い申し上げます｡

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読むのをお勧めします。
＊ご自分の利用環境として OS の種類ぐらいは書き添えましょう。

トラブルシューティング（Thunderbird のセーフモード起動、新規プロファイルの追加とその適用、
再インストール）をおこなってもサーバからエラーメッセージが出るのであればサーバの管理者にお
尋ねください。
　

※質問するときは、フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください] に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えるか、投稿用テンプレート の利用をお勧めします。

横から失礼します。

エラーメッセージの文面から判断すると、IMAP の動作に関係したもののようで、サーバからの応答をもとに Thuderbird が出していると思われます。
「'%2$S' に対する現在の操作を正常に完了できませんでした。%1$S アカウントのメールサーバからの応答: %3$S」
サーバからの応答（%3$S 部分）があるなら、その文面も示していただくと、もう少し問題点が絞れるかもしれません。

Thunderbird の起動時に IMAP サーバに接続しにいき、何かのやりとりにつまづいているような感じでしょうか？
ざっくり Web 検索したところ、下記などにその事情の一端らしきものがうかがえます。
（参考）
http://ameblo.jp/drunkard-hide/entry-10945780904.html

解決策ではありませんが、いちおう情報まで。　外してたらすみません。