※質問するときは、フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください] に目を通し、Thunderbird の新旧バージョンだけでなく OS の種類やバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えるか、投稿用テンプレート の利用をお勧めします。
スレッドペインでの表示の話ですか? それともメッセージペインのメッセージヘッダ部分の話ですか?
(参考)各部の名称等を共通の理解にするために......。
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使い方ガイド - 画面構成と基本操作
当方 Windows XP 環境ですが、Thunderbird 3.1.11 と 5.0 で、ご質問のような「アイコン」や「スペース」に関する表示上の顕著な仕様変更があったようには見えないのですが...。
例えば、スレッドペインの [件名] の先頭には、[返信] や [転送] などを実行したことを示すマークを表示するスペースが確保されていますが、記憶にある限りでは、すでに 2.0 系のころからそうなっていました(デフォルトのテーマ)。
(マークの付く操作を何もしていないと、[件名] の先頭に少し空白があるように見えるかもしれません。)
あるいは、スレッドペインのカラム項目のことでしょうか? それなら、ユーザーが自由に表示・非表示をコントロールできますが...。
3.1.11 以前で施していたカスタマイズが 5.0 では効かなくなり、デフォルトに戻ったということはないでしょうか?
例えば、3.1.11 のときは有効だった何らかのアドオン(拡張機能、テーマ)が、5.0 で未対応になったため以前の表示と異なる形式になった可能性などです。
更新前後でトラブルと思われる現象に遭遇したら、まずはトラブルシューティングの定石であるセーフモードと新規プロファイルでの動作を確認してみることをお勧めします。その結果から何か見えてくるかもしれません。
(参考)
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セーフモード
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複数のプロファイルを使用する
また、もしかしたら対応 OS によってはユーザーインターフェイス上の変更が加えられたかもしれませんので、OS の種類とバージョンを明記すると、同じ OS 環境で Thunderbird をお使いの方からアドバイスがあるかもしれません。
とりあえず以上です。外してたらすみません。