※質問するときは、フォーラムの利用に関するご案内 、とりわけ 質問するときは に目を通し、OS の種類や Firefox のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えましょう。
window.confirm で指定された「確認ダイアログ」がポップアップされたとき、OS 側で設定されていたポップアップ時のサウンドが鳴らなくなった――という類のお話でしょうか?
masa_masa さんのところで起こっている事例に当てはまるかどうかわかりませんが、4.0 系以降の Firefox において、about:config から
prompts.tab_modal.enabled の値を false に変更してみるとどうなりますか?
prompts.tab_modal.enabled は Firefox 4.0 以降で導入されたもので、警告のポップアップなどの動作を
モーダル なものにするため、ひとつのイベントに対しての処理を終えるまで次のイベントを受け付けないような動作になり、ポップアップの動作に連続して OS のサウンド(例えば、ポップアップ音やそれをブロックした音など)を鳴らす動作が効かなくなることがある――というものらしいです。
4.0 以降では初期値が true ですが、これを false にすることで、3.6 以前と同等の動作になり、ポップアップなどのイベントに連続してサウンドを鳴らす動作をおこなえるようになるみたいですね。
とりあえず気がつく範囲で...。 外してたらすみません。