プラグインのAdobe Acrobat 9.4.0から10.0にアップグレードしたところ，タッチパッドによるページのスクロールができなくなりました．

具体的には，pdfを開いたタブ(Aタブ)が一つでもあると，ほかのタブ(Bタブ)のページスクロールができなくなります．
また，Bタブ上でスクロールすると，Aタブのコンテンツがスクロールしています．

ブラウザ上でなくAdobe Acrobat上でpdfを表示させれば，スクロールは正しく行われます．

Adobe Acrobat 9.4.0および9.4.4にダウングレードしましたが，スクロールの不具合は解消されず，以前まで正しくスクロールできていたのが不思議です．

PCの再起動やfirefoxのセーフモードでの起動を行っても解消されません．

どなたかわかる方はいらっしゃいますでしょうか．

- Windows7　Home Premium (64bit)
- Acer Aspire 5741
- firefox 4.0.1

ぼく自身はご質問のような症状を直接的にも間接的にも経験したことがないため、ストレートな対策は何とも申し上げられないのですが、レスが付いてないようなので気がついた点を列挙してみます。

念のための確認ですが、Adobe Acrobat と明記されていることからして、Adobe Reader ではないのですよね？
ブラウザのプラグインとしての基本動作はほぼ同じことなので、紹介するリンク先が Reader の記述であっても Acrobat と読み替えればだいたい通用するはずですが、細かな差異があるかもしれないことを意識する意味で、最初に製品の正確な種類を確かめておきます。


ここだけ見ると Adobe Acrobat 10 の問題のように見えますが、「タッチパッドによる」ということは、お使いのノート PC のタッチパッド・ドライバが影響している可能性も考えられます。
あとでどんでん返しを食らうのはイタいですから、まず最初にタッチパッドのドライバが影響していないかどうかを切り分けてはいかがでしょうか。

OS 標準のドライバで動作する外付けマウスを接続し、そちらの操作ではどのようになるか試してみてください。
（1）外付けマウスで問題が起こらないなら、タッチパッド・ドライバが絡んでいると推測できそうです。PC メーカーのサポートに相談することを含めて、ドライバ回りの対処をまずおこなってみてください。
　同じタッチパッドで Adobe Acrobat 9.4.0 では問題なかったということは、Adobe Acrobat 10.0 の仕様とタッチパッド・ドライバの組み合わせに問題がある可能性が高いと思われます。
（2）外付けマウスでもご質問の症状が再現するなら、Adobe Acrobat と Firefox に集中して原因を探っていくことになるでしょう。

少なくとも、64bit 版 Windows 7 上の Firefox 4.0.1 と Adobe Acrobat 9.4.0 では問題がなかったとすれば、9.4.0 から 10.0 へのアップグレードの際に何か問題が起こった可能性から調べていくのが順当かと思われます。

このアップグレードはどのような手順でおこなわれましたか？

例えばですが、Firefox 3.6 系で Adobe Acrobat Plug-in 9.4.0 を使用していて、Firefox を 4.0.* にアップグレードし、そのあと Adobe Acrobat を 10.0 にアップグレードしたといった一連の経過があったとして、その中で Firefox にプラグインが重複登録されてしまったような不整合が起こっていないか、そのあたりを再度洗い直してみてはいかがでしょうか。
Firefox の [ツール] -> [アドオン] -> [プラグイン] に、重複して Adobe Acrobat のプラグインが登録されていないか確認してみてください。


ウィンドウのコントロールが適切に切り替わっていないように見えますね。
Adobe Acrobat プラグインがウィンドウのコントロールを手放さず、ブラウザ本体のタブで開いたページをスクロールできないような感じといいましょうか。
ちょっと見たことがない現象ですが、 であれば、アドオン（拡張機能）が影響しているとは考えにくくなります。ただ、アドオンといってもプラグインはセーフモードでも動作するものがあるため、厳密に確認する必要があります。


十分確認されていることとは思いますが、この手の操作では確実なアンインストールと正確なインストールが基本です。
ひとつのアプリケーションの異なるバージョンを頻繁に入れ替えると、システムに登録された情報やプラグインの対象となるブラウザに付加された情報に、思わぬ不整合をもたらすことがあります。

Firefox 側で試すとすれば、新しいプロファイルを作り、まっさらな状態の Firefox に Adobe Acrobat のプラグインだけを有効にした状態で動作を確認してみてください。
その結果によって、プロファイルそのものが何らかのダメージを受けていたか否かを判断できるかもしれません。

一方、ぼくは Adobe Reader しか使ったことがないためその範疇でしかいえませんが、Firefox にプラグインをインストール / アンインストールするのは Reader 側の操作によります（下記リンク先参照）。
Firefox 側からだけでなく、アップグレード / ダウングレードの際の Adobe Acrobat 側の設定状態などは確認されているのでしょうか。

すでにご覧になっておられるかもしれませんが、もしまだなら下記の記事なども参考にしてください。
ご質問の症状のことが直に書いてあるわけではありませんが、本件を含めトラブル対策の土台に置くべき知見が述べられています。
（参考）
【Firefox ヘルプ】
・Adobe Reader プラグイン利用ガイド
・プラグインのトラブルシューティング
・基本的なトラブルシューティング
【Adobe サポート】
・Web ブラウザで PDF が表示できない場合のトラブルシューティング（Acrobat 9/Adobe Reader 9）
・Windows 7 への対応について

Adobe Acrobat（正規品）をお使いでユーザー登録をなさっているなら、Abobe のサポートにも相談してみてください。
そこで Firefox 側で確認すべき点について指摘があれば、そのことを具体的にフォーラムに書き込んでいただくと、知識のある方から Firefox についてのアドバイスが寄せられるかもしれません。

（補足）
すでにご存知かもしれませんが、Firefox 4.0 と Adobe Reader X の組み合わせでは、いくつか不具合が報告されています。
Firefox 側に問題があるケースもありますが、Adobe Reader X 側に問題があるケースもあって、それぞれに修正作業がおこなわれているそうです。

具体的な一例を挙げれば、・Bug 613756 - Adobe Reader X: Scrollbar doesn't update で報告されていて、最終的に Adobe Reader X cosmetic bug - browser integration scrollbars do not move で Adobe Reader X のバグとして対処中の問題などがあります。（これは Firefox 以外のブラウザでも発生する問題です。）
g1181216 さんのところで起こっている現象とは異なりますが、ウィンドウのスクロールに関わるという点では類似性がありますね。

ようするに、現状の Adobe Reader X はいろいろなブラウザとの組み合わせでやや不安定な部分があるらしいのです。ご質問は Adobe Reader ではなく Adobe Acrobat なわけですが、ブラウザにプラグインしての PDF 閲覧機能という点では大差ないはずですから、このことは頭の隅に置いておくといいかもしれません。

プラグインを使ってブラウザ内に PDF ファイルを展開・表示するのは両者の連携がきちんととれていなくてはならない分いささかデリケートで、問題が起こりやすいといえますが、ブラウザから PDF ファイルを外部アプリケーションとしての Acrobat に引き渡して開かせる分には、普通に Firefox を使っている横で Acrobat / Reader に PDF ファイルを展開・表示させているのと大差ないので、こっちのほうがトラブルは起こりにくいと思います。

長くなったわりに有益なアドバイスができてなくて申し訳ありませんが、以上です。外してたらすみません。