タイトル通り右下に出てくる「接続がタイムアウトになりました」が重くなります。
その時ＣＰＵもDualCoreなのに７０％を超えたりして困ってます
どうすれば、この「タイムアウトになりました」を軽くできますか？

ご参考までに・・・・
メールサーバーは自家サーバー
FreeBSD 6.2
qmail+vpopmail+svscan
Athlon 64 3200+
メモリ512Mx2 DDR200 128bit
ギガビット接続

Windows側は
Windows XP SP2 32bit
メモリ1G×4 (実質3.6GB) DDR2 400 128bit
Athlon X2 2.8GHz
です。

なお、これはあくまでテストでPOPサーバーを意図的に止めたものです。

ここで使われている 重い、という意味が分かりません．．．暴走状態に陥るということでしょうか？
Thunderbirdはタイムアウト後にはなにもしないはずなのでウィルスチェッカの動作かも知れません。

サーバーのプロセスをkillしたということでしょうか？
この1行からの想像ではタイムアウトになるまでに時間がかかりすぎるという意味にも取れますけど。
それならタイムアウトになるまでの時間を短くするパラメータが有ります。　が、タイムアウト後にCPUの負荷が高くなるなんてことは無いはずです。

症状をもっと判りやすく書いて頂くとレスが付くかもしれません。
（「POPサーバーを意図的に止めた」という具体的な操作とかも）

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どちらかというと、「タイムアウトしました」と出てくるポップアップががくがくし、かつ、
CPUの使用率が７０％を超えるということになります。
実際の受信しようとする時のCPU使用率はいたって正常ですが、
ポップアップが出る、及び、消える動作が重いということです。

なお、ウィルス対策ソフトは導入しておらず、いつもオンラインスキャンでやっています。

その他、使用ソフトはInternet Explorer 6.0 SP2
及び Buffero 製のPCasTV （地アナ版、非最大化使用）です。

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また、POPサーバー側のプロセスをkillというか正常停止させたものです。
svc -k pop3d

http://www.emaillab.org/djb/daemontools ... howto.html
参照のこと

また、６０近くのアカウントを管理しています。

ポップアップ以外の動作以外は、tb1.x、2.x より軽快になっています。

なるほど。タイムアウトのポップアップ表示を行うときにCPU使用率が上がっているということですね。

環境としては、
サーバ（マシン／IPアドレス）は存在し、POPサーバが動作していないということですね。
残念ながら私のところではPOPサーバを自由に出来る環境でなく、サーバのIPアドレスを不正にして参照出来なくするぐらいですが、結果は「サーバ xxxxxxxxxxxxx との接続に失敗しました」というポップアップがいきなり表示されてしまいます。なので同じ環境で試すことが出来ません。
接続に成功し、ハンドシェイクでタイムアウトが発生する環境が必要なんですね。
私のところで本当にタイムアウトが発生するということも珍しいことですが、観察するように心がけるようにします。

＃ あぁ、懐かしい人のHPを見てしまいました。（お元気なのかなぁ．．．）

タイムアウト時に別のアカウントの処理をやっていて、タイムアウトが原因でなにかおかしくなっているという様子は無いでしょうか。
全てのアカウントで１つもタイムアウトが発生しなければCPU負荷も上がらないということですか？
POPサーバを停止したアカウントのみ、メール確認を行った場合はどうでしょう？

マルチアカウントで動作が変わるとすれば、ローカルフォルダの使用の有無も関係あるかもしれません。使用しなければ全てのアカウントをコンカレントでアクセスします。

ちなみに、私のところはPOPFILEのスパムチェックとAVG(Pro)のウィルスチェックを通過させ、
現在８つのアカウントでローカルフォルダを使用せずにコンカレントでアクセスしています。
それでCPUの負荷は最大で20%ぐらいになっています。

似たような環境でタイムアウトが発生する人からのレスを期待しようかな．．．