Thunderbird2を使用しています。
ローカルフォルダにいくつかのサブフォルダ＞更に下層フォルダを作成し、受信メールをそちらに移動して保存していました。
問題は、再起動した後にいくつかあったサブフォルダが表示されなくなりました。勿論その下層フォルダも表示されません。


例として、
フォルダ名：001　ここにはメールを保存していません。
001＞AAA（更に下層のフォルダ）を作成し、ここに保存しています。

プロファイルをのぞいてみると、サブフォルダ用のファイル、001.msfと001.sbdが在り、拡張子無しの「001」は見あたりません。
その下層フォルダ用のファイルAAA.msfと拡張子無しの「AAA」は確認できます。

この状況から、表示されなくなったフォルダ「001」を復活させる事は可能でしょうか？

アドバイスの程、宜しくお願いします。

※質問するなら、「フォーラムの利用に関するご案内」 、とりわけ 質問するときは に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報ぐらいは書き添えましょう。

とりあえず分かる範囲で......。
当方の環境（Windows XP 上の Thunderbird 2.0.0.24）で説明しますので、ご利用の環境に合わせて読み換えてください。

（背景）
Thunderbird 上のフォルダ構成と、プロファイル内のフォルダ構成は微妙に異なります。
これは、Thunderbird 上の 1 フォルダが、プロファイル内では 1 ファイルで保持されていることに由来します。
ご例示のケースにおける正常なフォルダ構成のサンプルは次のとおりです。

（A）Thunderbird 上でローカルフォルダ直下に任意のフォルダを作った例
－ ローカルフォルダ
　　├ 受信トレイ
　　├ ごみ箱
　　：　（中略）
　　└ 001
　　　　└ AAA

（B）このときのプロファイル（Mail フォルダ配下）の構成
－ Mail（フォルダ）
　　└ Local Folders（フォルダ）
　　　　├ Inbox　　　…Thunderbird 上の「受信トレイ」の実体
　　　　├ Inbox.msf　…上の要約ファイル
　　　　├ Trash　　　…Thunderbird 上の「ごみ箱」の実体
　　　　├ Trash.msf　…上の要約ファイル
　　　　：　（中略）
　　　　├ 001　　　　…Thunderbird 上の「001」フォルダの実体 <- これが消失している？
　　　　├ 001.msf　　…上の要約ファイル
　　　　└ 001.sbd（フォルダ） …「001」フォルダ配下にサブフォルダを配置するためのフォルダ
　　　　　　├ AAA　　　…Thunderbird 上の「AAA」フォルダの実体
　　　　　　└ AAA.msf　…上の要約ファイル

（本題）
プロファイル内に拡張子なしの 001 ファイルが存在しないとのことですから、Thunderbird 上で 001 フォルダが存在しない扱いになっていると考えられます。したがって、001 フォルダ配下の AAA フォルダなども表示されなくなっていると思われます。

原因が不明なので抜本的な解決策にはならないかもしれませんが、Thunderbird 上で不可視になったフォルダをとりあえず表示させるための対策として、次の手順を試してみてください。

上記の構成を参考に、001.msf や 001.sbd と同階層に適当なテキストファイルを新規作成し、名称を 001 （拡張子なし）と付けて Thunderbird を起動してください。
　　｜ 作ったテキストファイルのサイズは 0 バイトでも問題ありません。
　　｜ もともと、Thunderbird 上の 001 フォルダにメールを保存してないみたいですし...。

表示されなくなった他のフォルダについても、同様の手順でプロファイル内のファイル構成を点検・修正してみてください。
　　｜ ただし、例示の 001 はフォルダだけの存在なので実害はないと思いますが、
　　｜ Thunderbird 上のフォルダ直下にメッセージを保存していた場合、
　　｜ もしプロファイル上の実体ファイルが消失していると、
　　｜ そこに含まれていたメッセージも消失していることになります。
　　｜ この場合、バックアップでも取っていない限り復元は困難かと思います。

（再発防止のために原因の特定を）
ご質問の文面だけでは、プロファイル内の 001 ファイルがなくなった原因の見当はつきませんが、例えば何らかのクリーニング・ソフトで、0 バイトのファイルを削除してしまう設定になっていたとか、溜め込んだメールの肥大化やハードディスクの空き容量が極端に少なくなっているなどの背景があって、Thunderbird（または OS） の動作が不安定になっているとか、そんなことがあるのかもしれません。
もし再発するようなら、Thunderbird だけでなくウィルス対策ソフトや OS を含めて現在のシステムを点検したほうがいいかもしれません。

（参考）
今回の問題とは直接の関係はないかもしれませんが、関連するナレッジベースです。
http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002624
http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002638

復活できました。
本当に有り難うございました。

取り急ぎお礼まで。