ご希望にそう回答ではなくて申し訳ないのですが......。
「イベントログの管理」(Activity Manager)は、Thunderbird 3.0 から取り入れられた新機能で、現状ではご希望に叶うほど多機能ではないと思います。
リリースノート↓にあるように、
http://mozilla.jp/thunderbird/3.0/releasenotes/
http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.1/releasenotes/
現時点では、送受信ログの記録のほか、メッセージの移動・コピー・削除、グローバル検索の索引更新、IMAP の自動同期などの記録といったところでしょうか。
about:config から設定しようにも機能が実装されていないと無理ですから、ご要望の項目を記録する機能を追加してほしい旨、Mozilla の開発者サイドにリクエストを出すことから手をつけるしかない気がします。
| 迷惑メールフィルタについては、現状で専用のログがとれますが、
| そうではなく Activity Manager に統合できないかという意味ですね?
アドオンは、空き時間にざっと探した限りでは見つけられませんでした。
ほとんど役に立たないコメントですみませんが、以上です。