外してたらすみません。
Lenovo(旧 IBM)製品で使われているトラックポイント(ウルトラナビ)に限ったことではありませんが、機種固有のドライバを使用しているポインティング・デバイスは OS 標準のドライバを使用したものに比べて、これも Firefox や Thunderbird に限ったことではありませんが特定のアプリケーション・ソフトでの使用に際し、不具合が起こることがしばしばあるようです。
今回の問題に関連しそうなこととしては、こちらの記述が参考になるのではないかと思います。
https://wiki.mozilla.org/Gecko:Mouse_Wh ... Windows.29
このドキュメントによれば、Firefox 3.5.x にはなく、3.6 で追加された設定項目に、
ui.trackpoint_hack.enabled
というものがあります。
シルフィードJP さんの状況から察するに、この値を 1 に変更することで、ご希望の動作になるのではと思われます。
根本的には、ドライバ側で改善されることが望ましい問題のようです。
ただ、お使いのキーボード(31P9514)は生産終了品で、新しいドライバの提供も滞っているみたいですから、改善される見込みがどの程度あるかはわかりません。
(参考までに比較情報として)
ぼくも、やや古めの ThinkPad を使っています。(T60 / Windows XP SP3 / 2006年製)
ui.trackpoint_hack.enabled の設定値がデフォルト(-1)のままの Firefox 3.6 で、トラックポイントとスクロールボタン(中ボタン)を使用したスクロールは問題なくできています。
ThinkPad UltraNav Pointing Device のドライバ・バージョンは、7.5.17.27 (12-5-2007) です。
| タッチパッドは無効にしているため、
| タッチパッドのスクロールエリアを使った動作の
| 検証はしていませんけど...。
たぶん、ぼくの使っているドライバは、上記ドキュメントに書かれている検出対象になっているので、自動的に Hack が機能しているのだと思われます。逆に、シルフィードJP さんがお使いのドライバは(古いかレアなためか?)検出対象になっておらず、Hack が機能しないためスクロールの不具合が顕在化してるのかな? と...。なので、強制的に Hack を機能させたら現状は改善されるんじゃないかと......。