３．０にバージョンアップして受信できなくなりました。
”タイムアウトです”とメッセージが出るので設定を変えようと思ったのですが
３．０にはありません。２．０のときは設定を変えることが出来ましたが、３．０ではどのようにすれば良いのでしょうか？

mac version です

バージョンアップ後の送受信不能で、最もよくあるケースがセキュリティ対策ソフトの影響です。

（1）Thunderbird はメールの送受信をしようと通信確立の動作を試みるが、
（2）一方でセキュリティ対策ソフトが、新バージョンの Thunderbied を認識できないアプリケーション・ソフトとしてブロックしているため、
（3）Thunderbird は既定時間内に通信を確立することができずタイムアウトエラーに、

――というパターンですね。

すでにご覧になっておられれば申し訳ありませんが、まずは公式サポートページのこちらをご確認ください。
http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002612

基本的には、バージョンアップ後の Thunderbird を、通信を許可してもいい正常なソフトである旨お使いのセキュリティ対策ソフトに認識させ、通信を「許可」してやればいいと思います。

なお、Thunderbird 2.0 系で設定可能だったのはオプション設定の [接続のタイムアウト時間] の項目だと思いますが、3.0 系ではオプション設定から消え、隠し設定になりました。
2.0 系のデフォルト値は [60] でしたが、3.0 系のデフォルト値は [100] となっています（たしか単位は「秒」）。
安易に変更すべきものではありませんが、どうしても必要なら設定エディタからこの値を変更することは可能です。

外してたらすみません。
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Firefox 3.6b5 + 3.5.6 + 3.0.16 + others
Thunderbird 3.0 + 2.0.0.23 + others
on Windows XP Pro SP3

　

バージョンアップ前は Thunderbird 2.0 系だったとして正常に受信できて
いたとしたらタイムアウトが直接の原因ではないかも知れません。

というのも Thunderbird 3.0 にバージョンアップしたら送受信に限らず各
種不具合が報告されているからです。
特にアカウント設定まわりやパスワードまわりに多くの不具合が起きてい
るようです。
（接続の保護の認証を有効にする設定に勝手になってしまうなど・・・）
どうやら Thunderbird 2.0 系で使用していた各種ユーザデータをうまく引
き継げない現象のようです。

ですのでアカウント設定でそのタイムアウトになるアカウントを一旦削除
して再起動後に新たに最初からアカウント設定をしてみてください。
（これで解決した事例もあります）
それでもだめなら新規プロファイルの適用です。

＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について をきちんと読みましょう。
＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。
　

thunderbird を 2.0.0.23にダウングレードし、設定を見てみたら接続時間が０になっていました。
それを６０にしたら、受信できるようになりました。
そして再び3.0にしたらまた受信できなくなり、設定を探しましたがありません。
なので、設定を変える方法を知りたいのです。
もしくは次のバージョンアップで解決されるのでしょうか？

よろしくお願いします。

Preferences -> Advanced -> General -> Config Editorと辿って、mailnews.tcptimeoutが0でしたら100にすればいいと思います。
もしもこれでダメだった場合は、新しくProfileを作成したほうがいいというのが過去のトピックからの結論だと思います。