受信トレイにあるメール（7000通以上）を一気にアーカイブへ移動したのですが、年別に分けてくれません。具体的には2004というフォルダができて、そこに全部入っています。

あと関係あるかわかりませんが、本格的に移動する前にテストとして一通だけメールをアーカイブへ移動していました。その時点では2009というフォルダができてそこへ移動されていました。今も2009にそのメールが一つだけ残っています。

何か対処方法があるでしょうか？

　
Thunderbird 3.0 のケースでしょうか？
もしそうなら再現します。
[環境]Windows XP Pro SP3、Thunderbird 3.0 日本語版

バグなのか仕様なのか検索していないので不明ですが確か beta 版から再現していたと
思います。
現状の回避策としては年別にメッセージを目視かフィルタあるいは検索フォルダ機能を利
用するなどして選別してアーカイブでしょうか。
　　

＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について をきちんと読みましょう。
＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
　

　

以下のバグが相当するようです。
"Bug 531829 – Archiving messages from multiple years stores them all in one year's archive"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=531829
　

すいません。環境はWindows7でThunderbird3です。

バグでしたか。修正を早くしてほしいですね。

　
Bug 531829 は修正（RESOLVED FIXED）されました。
次期バージョンでは反映されると思われます。