Thunderbird 2.0.0.22 から 3.0 にするとフォルダの中に同じものが２つ出来てしまいました。
例えば受信トレイの中に受信トレイが二つ(同じもの)、ゴミ箱の中にゴミ箱が２つ(同じもの)、という具合です。
ローカルフォルダ等も２つあります。どうしたら正常になるのでしょうか、どなたかご教授願います。
ちなみにバージョンアップは会社の友人もやりましたが上書きでそのままインストールしました。

windows xp sp3
Thunderbird 2.0.0.22から３．０
Firefox3.5.5

　
環境条件などにより問題なくバージョンアップできた方と不具合が起きた方がいるようですね。

まず以下の方法を試してみてください。
念のため作業をする前に現状のプロファイル（メッセージデータなどのユーザ情報が保管され
ているフォルダです）のバックアップを取ってください。

１．Thunderbird のセーフモードで起動して再現するか確認。
　　再現しないのならアドオンが怪しいです。
　　セーフモードについては以下を参照。　＊Thunderbird 3.0 でも同じです。

　　「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.23 リリースノート - Mozilla Japan」
　　http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.23/releasenotes/#troubleshooting

２．上記でも再現するようならプロファイル内に重複した不要なフォルダ類が実際にあるのか
　　どうか確認です。
　　プロファイルの場所は以下です。
　　アカウント別フォルダ内に重複したフォルダ名と同じファイルorフォルダ類があるか確認で
　　す。
　　補：「受信トレイ」は Inbox、「ごみ箱」は Trash という名称です。
　　明らかに重複していると確認できたら一旦デスクトップなどに移動してみてください。
　　その後に Thunderbird を起動して正常になっているか確認です。

　　　[Windows 2000、XP]
　　　C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\Mail\アカウント別フォルダ

注１：<profile folder> は標準なら xxxxxxxx.default という 8 桁のランダム英数字名と .default
　　　の拡張子名を組み合わせた名称になっています。
注２：Windows 2000/XP の "Application Data" フォルダ、Windows Vista/7 の "AppData" フォル
　　　ダは隠し属性です。
　　　エクスプローラの「フォルダオプション」→「表示」→「詳細設定」の「すべてのファイルとフォル
　　　ダを表示する」をチェックすればエクスプローラ上で表示可能になります。
注３：エクスプローラの「フォルダオプション」→「表示」→「詳細設定」の「登録されている拡張子は
　　　表示しない」のチェックをはずせばエクスプローラ上ですべての拡張子が表示可能になります。
　
　
上記の結果を教えてください。
　

ご回答ありがとうございます。
セーフモードで結果は同じでした。
プロファイル内のメールフォルダ内に同じものはありませんでした。
ただ２つあるのですが例えばどちらかの受信ファイルの中の１メールを
削除するともう一つの受信ファイルも削除されております。
同じもので別ファイルではなく見え方が２つ同じものがあるという感じです。

タイトルを変更しました。
　
わかりました。
「スマートフォルダ」のことですね。

「Thunderbird 3 日本語版レビュアーズガイド」
http://mozilla.jp/press/docs/thunderbird-3-reviewers-guide.pdf
上記の PDF ファイルのガイドがありますので「 3.2 ユーザインタフェース」の「スマートフォルダ」の
ところを見てください。

スクリーンショットのようにフォルダペインの新しい表示選択機能のひとつです。　
メニューバーの [表示] > [フォルダ] で「すべてのフォルダ」などいくつかの表示種類を選べるよう
になっています。　
またフォルダペイン上部の右側にある横三角マークをクリックすることでも切り替えできます。

＊「フォルダペイン」とはメインウィンドウ左側のアカウント別フォルダ一覧表示枠のことを
　　いいます。
　
デフォルトのテーマ以外のものを入れたり、拡張機能によっては「受信トレイ」がアカウントの数だけ
並びます。
テーマをデフォルトにするか Thunderbird のセーフモードで起動すると正常な表示を確認できます。
　

いろいろ有り難うございます。
スマートフォルダの内容は理解できましたが状況が少し違っていると思います。
私のスマートフォルダは下記のようになっております。

－受信トレイ
　　　受信トレイ－xxxx1234
受信トレイ－xxxx1234
　
　　中略

－ごみ箱
　　　ごみ箱－xxxx1234(88)
ごみ箱－xxxx1234(88)

＋ローカルフォルダ
＋ローカルフォルダ

－受信トレイのなかみは題名は出ますが中はみれません。
その下の受信トレイは２つとも内容は同じです。
－ごみ箱は見えます。
下のごみ箱は２つとも内容は同じです。
他の自作のフォルダも同じものが２つあります
という具合です。

　
スマートフォルダではなかったようですね。

セーフモードでも再現するとなるとアドオンの影響はほぼ無いと思われます。
残る対処としては「新規プロファイルの適用」「クリーンインストール」ですがその前に
以下の方法を試してみてください。

Thunderbird を終了させた状態でプロファイル内の以下のファイルを順番にデスクト
ップなどに移動させてから Thunderbird を起動してどうなるか確認してみてください。
注：両ファイルとも存在しない場合は自動生成されて初期化されます。

panacea.dat　（フォルダペインの表示キャッシュ、情報ファウル）
localstore.rdf　（表示ウィンドウのサイズ、位置などの情報ファイル）
　

いろいろありがとうございます。
上記やってみましたが結果は同じでした。
プロファイルの中の何かが悪さをしているのかもしれませんね。
ずっと書き忘れて下りましたがもう一つメルアドがあってプロファイルを
分けております。
そちらの方は正常に１つづつしかありません。

途中から失礼します。
原因の特定でも解決方法でもないので申し訳ないですが。

Mac OS 環境の Thunderbird Beta 2 で Beta 1 のプロファイルを引き継いだときに同じような現象に遭遇しました。
アカウントフォルダの中をチェックしても重複ファイルはありませんし、kiki さんのお書きになっているファイルなどを削除してみましたが解消しなかったため、プロファイルを作り直しました。

どういう理由でそうなるのか分かりませんが、プロファイルの何かに問題が起きていると思われますから、新しいプロファイルに移行することが解決への近道ではないかと思います。

　
なかなか手強い不具合ですね。
プロファイルが壊れている可能性が高いですね。

メッセージデータの移行などで少し手間はかかりますが新規プロファイルを作成し
てそれを適用してみましょう。
それでもだめならクリーンインストールですね。
クリーンインストールの際はアンインストール後にインストールフォルダも削除して
おくと良いでしょう。
　

皆さんいろいろありがとうございました。
結局プロファイルを作り直して旧プロファイルをコピーしましたが
それでも解決しなかったので、もう一度プロファイルを作りメールの中身
とアドレス帳だけコピーをしましたところうまく解決出来ました。
本当にありがとうございました。

　
なんとか解決して良かったですね。

不具合のあった旧プロファイルを単純にそのままコピーしたのでは不具合も同様にコピー
してしまいます。（不具合を復元するだけになります）
新規プロファイルの適用はまっさらな状態にするということです。
つまり最初にインストールした初期の状態にすることになります。

その上でメッセージデータやアドレス帳データなどひとつづつコピーしては Thunderbird を
起動させては問題ないか確かめていきます。
この作業を順次繰り返す必要があるので手間がかかるのです。

プログラム本体を再インストールすれば直ると思う方が多いようですが Thunderbird を制
御している各種ユーザ設定情報はプロファイルに保管されていますのでほとんどの場合意
味がないわけです。
この事を踏まえておけば不具合のほとんどは新規プロファイルの適用で改善されます。

ということで今後の参考にしていただければ幸いです。