フォルダが多くなってきて見分けるのに苦労するのですが、
ブックマーク内のフォルダのアイコンは変えられないんでしょうか。

質問には必ず、あなたの使用している製品名とそのバージョン、
OS の種類を明示してください。
識者の方々からの的確なアドバイスを得るためにも、
質問には必ず製品名とそのバージョン、OS の種類を明示してください。
以下リンク先を一読下さい。
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以下のリンク先でブックマークのフォルダのアイコン変更する方法が紹介されています。
Mozilla Re-Mix: Firefoxのブックマークフォルダアイコンを変更する方法。

横から失礼します。

ブックマーク内のフォルダを、個別に変えたいということでしたら無理です。
またそういった拡張機能もないと思います。

メニューやブックマークツールバーであれば、たとえばといったスタイル指定で変更できます。
この例では、MozillaZine.jp という名前のフォルダは MozillaZine.jp の favicon になります。
これを userChrome.css に書いてもいいですし、上にあるリンク先で紹介されている Stylish を使っても良いです。

あっ、-moz-image-region: auto !important; が必要だったんですね
前言撤回しますm(__)m

# 早く言ってくださいよー < あ さん

そんなこと言われても^^;
リアルタイムに回答できるわけじゃないんですから^^;