OSバージョンはWindows XP SP２、Thunderbirdは 2.0.0.19です。
ローカルフォルダにサブフォルダを作って、内容毎にメールを保存しています。サブフォルダごと古いメールを削除したのですが、そのサブフォルダのsnmファイルが残ります。それらを一掃したいのですが、Thunderbirdから消去することはできないのでしょうか。それとも、snmファイルを直接消去するのでも問題ないのでしょうか。ご教示下さい。

　
.snm ファイルはおそらく Netscape 用のインデックスファイルです。
Netscape からインポートしたか、手動で移動された際にそのまま残っていたのかも知れません。

削除しても問題ないと思いますが、念のため一旦別の場所にバックアップ移動して確かめてください。
問題無ければ削除してもいいでしょう。

尚、Thunderbird からは .snm はもちろんですが、.msf も明示的に削除する機能はありません。
　
[参考]
メールのバックアップ、またはそのリストア
　

直接削除してしまいました。一番大きなフォルダの索引を再構築することになりました（直接削除と関係あるかはわかりません）。その他、問題は発生しませんでした。ありがとうございました。