複数のPC、一台はVISTA、一台はXPにThunderbirdをインストールし使用しています。「サーバーにメールを残す」に設定していますが最初に受診したPCにのみメールが受信可能で２台目のPCで受信をおしても「サーバーにメッセージはありません」のメッセージが出てメールが受信できません。複数のPCで同じアカウントを使う際に特別な設定があるのでしょうか？教えてください。同じアカウントでPOPとIMAPに設定し送受信しています。

それはThunderbirdというよりは、POPとIMAPをどんな風に連携させているかというようなサーバー側の設定でしょう。
IMAPで読んだものはPOP用のUIDLを送らないとか、
POPでダウンロードされたものはIMAPでは既読にしてリストしないとか．．．
そういうサーバの設定になっているなら１台のPCのメールソフトでPOPとIMAPの２つのアカウントを設定しても片方しかダウンロードしません。
＃ Gmailはそうなっているかも

便乗して申し訳ありませんが
私も、それが一番知りたい。
POP->IMAPなのかIMAP->POPなのか？

IMAP->POPなら発生する可能性は有ると思います。

_________________
Microsoft Windows XP Professional(Service Pack 3)
Microsoft Windows 7 Home(32bit)
Microsoft Windows 8 Por(64bit)
Mozilla Thunderbird(Version 17.0.5)