ご回答を頂く必要はありません。
ただの情報として、トピックを作らせて頂きました。<(_ _)>

POP3のProfileフォルダの下にchromeフォルダが有りませでした。
新しいフォルダを作り名前をchromeにすれば正常に機能します。

IMAP4で作成したProfileフォルダの下にはchromeフォルダが有りました。

たぶん、Mozilla Thunderbird 2.0.0.XXのどこかで変更が有ったか
環境により、作成されない事があるのだと思います。

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Microsoft Windows XP Professional(Service Pack 3)
Microsoft Windows 7 Home(32bit)
Microsoft Windows 8 Por(64bit)
Mozilla Thunderbird(Version 17.0.5)

そう言えば、以前に以下のトピックのこのレスで関連する話が上がってましたね。
MozillaZine.jp :: トピック - 【MacOS X】メッセージリストとフォルダリストのフォントを変更したい

で、こんな Bug もありました。
Bug 335423 – Profile folder's Chrome sub-folder not created by default

以上、情報まで。

# はらださん、お久しぶり。