フォルダを「タブで全て開く」で開いてみたのですが、
a、ｂ、ｃのフォルダをタブで開いたら、b.cのファイルを開く時に
現在見ているタブ(一番手前のタブ)をb,cのファイルの最初のリンクが上書きします。

browser.tabs.loadFolderAndReplace をfalseにはしているのですが
他に変えるところはあるのでしょうか？

又は、左上のよく見るページのファイルを以前の新しいタブに戻す方法はあるのでしょうか

ファイルとは、ブックマークのことでしょうか？
たとえば、
aというフォルダの中に、a1,a2,a3という３つのブックマークがある。
bというフォルダの中に、b1,b2,b3という３つのブックマークがある。
a1～a3を開き、a1を見ているときに、bのフォルダを開くとa1があったところが変わってしまう。
ということでしょうか？

Firefox 3からは挙動が変更されてそのようになります。
browser.tabs.loadFolderAndReplaceは機能削除されています。
上書き（入れ替わり）されないようにするには、「タブをすべて開く」を中クリック(ホイールクリック)してください。

Firefox 3 でも旧バージョンと同様に browser.tabs.loadFolderAndReplace を
サポートする実験的なアドオンが公開されています。

Replacetabs Extension 1
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/8511

Bugzillaでの関連項目(Bug 175124 – improve open in tabs behaviour)
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=175124#c57

#ところで、タッチパッドで中クリックってどうすれば出来るんだろう……?

二本指タップとか三本指タップとかが中クリックに割り当てられる場合もありますが、タッチパッドやドライバ等に依存ですね。

情報ありがとうございます。手元のノートPCで確認してみました。
コントロールパネル＞マウスのプロパティで左右ボタンに「オートスクロール」という動作が
設定されているのですが、どうやらこれが中クリックに相当するようでした。

もっとも、私の場合は「タブで全て開く」で「全てのタブを置き換えて」表示してほしかったため
(loadFolderAndReplace=false 相当の動作)、中クリックでは問題の解決になりませんでした。
(解決方法を探してネットの海を彷徨するうちに見つけたのが先に挙げたアドオンです)